ความเสียหายทางเศรษฐกิจและผลกระทบที่เกิดจากเชื้อไวรอยด์ขึ้นกับมูลค่าทางเศรษฐกิจของพืชนั้น ๆ ทั้งในแง่ปริมาณการผลิต ขนาด คุณภาพ และความสามารถทางการค้าในตลาด ตัวอย่างเช่น เชื้อ PSTVd ทำให้ผลผลิตมันฝรั่งลดลงถึง 64 เปอร์เซ็นต์ และมะเขือเทศลดลง 45 เปอร์เซ็นต์ เชื้อ HSVd ทำให้ผลผลิตมะเขือเทศลดลงถึง 43 เปอร์เซ็นต์ และ hop ลดลงมากกว่า 50 เปอร์เซ็นต์ เชื้อ CLVd ทำให้ผลผลิตมะเขือเทศลดลงถึง 50 เปอร์เซ็นต์ และเชื้อ CCCVd ทำให้ผลผลิตมะพร้าวลดลงถึง 22,000 ตันต่อปี นอกจากนี้เชื้อไวรอยด์ยังมีผลกระทบต่อการกักกันพืชซึ่งอาจทำให้ถูกกีดกันทางการค้าอีกด้วย