วิธีการตรวจวินิจฉัยเชื้อไวรอยด์ที่ใช้กันอยู่ในปัจจุบันมี 4 วิธี ได้แก่

1. Biological indexing หรือการใช้พืชทดสอบ เป็นวิธีการเริ่มแรกที่ใช้ในงานตรวจวินิจฉัยโรคพืชที่มีสาเหตุจากเชื้อไวรอยด์ เป็นวิธีการที่ง่ายแต่ไม่สามารถใช้ตรวจจำแนกได้ครอบคลุมทั้งหมด จะต้องใช้เทคนิควิธีการอื่น ๆ ร่วมเช่น RT-PCR หรือ Molecular Hybridization โดยเริ่มต้นจากการปลูกเชื้อบนพืชทดสอบที่เหมาะสมด้วยวิธีกล เช่น การการเสียบกิ่ง การใช้มีดทำให้เกิดแผล การทาใบพืชด้วยน้ำคั้นพืช (บดตัวอย่างพืชด้วยฟอสเฟตบัฟเฟอร์ pH 9.0) จากนั้นนำพืชทดสอบมาปลูกไว้ที่อุณหภูมิ 35 องศาเซลเซียส เพื่อสังเกตอาการที่ปรากฏ พืชทดสอบที่นิยมใช้ได้แก่ citron (Citrus medica) แตงกวา chrysanthemum morifolium Gynura aurantiaca มะเขือเทศพันธุ์ Rutgers โดยจะต้องเลือกใช้ให้เหมาะสมชนิดของเชื้อที่ต้องการตรวจสอบ ข้อเสียที่สำคัญของวิธีการนี้คือ ต้องใช้พืชทดสอบหลาย ๆ ชนิดในการตรวจสอบชนิดของเชื้อไวรอยด์ ซึ่งไม่เหมาะสมสำหรับการตรวจตัวอย่างปริมาณมาก เนื่องจากต้องใช้พื้นที่โรงเรือนมากและสิ้นเปลืองแรงงานสูง นอกจากนี้ยังกินเวลาในการรอให้พืชทดสอบแสดงอาการตั้งแต่ 2 อาทิตย์ จนถึงหลายเดือน แต่อย่างไรก็ตามวิธีการนี้ไม่สามารถนำมาใช้กับไวรอยด์บางชนิดได้ เช่น CCCVd และ CTiVd (Coconut tinangaja viroid) เนื่องจากไม่มีพืชทดสอบที่เหมาะสม และวิธีการปลูกเชื้อมีความยุ่งยาก ต้องใช้เครื่องมือที่มีแรงดันสูงในการปลูกเชื้อ รวมถึงระยะเวลาที่เชื้อแสดงอาการอาจกินเวลานานกว่า 4 ปี

2. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) โดยการทำ PAGE หนึ่งครั้งแล้วทำ PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพอีกครั้งหนึ่ง เพื่อแยกอาร์เอ็นเอไวรอยด์ออกจากอาร์เอ็นเอของพืช วิธีการนี้สามารถจำแนกย่อยได้เป็น 2 เทคนิค ตามวิธีการในการทำ PAGE ครั้งที่ 2 คือ S-PAGE (S = sequential) และ R-PAGE (R = return) โดย S-PAGE จะทำการ run PAGE ของอาร์เอ็นเอตัวอย่างในสภาวะปกติก่อนประมาณครึ่งหนึ่งของความยาวเจล จากนั้นจะ run PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพต่อจนจบ ส่วนวิธีการ R-PAGE จะทำการ run PAGE ของอาร์เอ็นเอตัวอย่างในสภาวะปกติจนสุดความยาวเจล จากนั้นจะทำการกลับเจลและ run PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพต่อสิ้นสุดความยาวเจล วิธีการนี้ถูกนำมาใช้มากในกรณีที่ใช้ตรวจสอบเชื้อไวรอยด์ที่ไม่ทราบชนิด แต่อย่างไรก็ตามวิธีการนี้มีความไวในการตรวจสอบต่ำกว่าวิธีการอื่น ๆ

3. Molecular Hybridization เป็นการอาศัยความสามารถในการเกิดปฏิกิริยาที่จำเพาะระหว่างเบส (A กับ U และ C กับ G) ของเชื้อไวรอยด์กับอาร์เอ็นเอหรือดีเอ็นเอตัวตรวจที่เรียกว่า probe ซึ่ง probe มีลำดับเบสคู่สมกับเชื้อไวรอยด์ที่ต้องการจะตรวจ และ probe ดังกล่าวจะถูกเชื่อมต่อกับสารเคมีหรือสารกัมมันตรังสีที่ช่วยให้สามารถตรวจติดตามได้ ปัจจุบันวิธีการ Molecular Hybridization เป็นวิธีการที่มีความสำคัญมากในงานวิจัยทางด้านไวรอยด์ รวมถึงงานตรวจรับรองการปลอดโรคและงานด้านกักกันพืช เนื่องจากมีความถูกต้องแม่นยำสูง กินเวลาน้อย และสามารถตรวจตัวอย่างได้คราวละมาก ๆ

4. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) ในการตรวจวินิจฉัยเชื้อไวรอยด์จำเป็นต้องทำปฏิกิริยา reverse transcription (RT) ก่อนเพื่อสร้างสาย cDNA (c = complementary) ก่อน แล้วตามด้วยปฏิกิริยา PCR เทคนิคนี้เป็นวิธีการที่มีความไวมากกว่าเทคนิค Molecular Hybridization ที่ใช้ cRNA probe 10 ถึง 100 เท่า และมากกว่าเทคนิค R-PAGE ถึง 2,500 เท่า สิ่งสำคัญในขั้นตอนปฏิกิริยา PCR คือต้องมีคู่ไพรเมอร์ที่จำเพาะกับเชื้อไวรอยด์ วิธีการ PCR เป็นวิธีการที่ให้ผลการตรวจที่รวดเร็วและมีความไวสูง สามารถตรวจสอบเชื้อไวรอยด์ได้แม้ว่าจะมีเชื้อในปริมาณที่ต่ำ