ลักษณะอาการที่เกิดจากเชื้อไวรอยด์ส่วนใหญ่จะคล้ายคลึงกับอาการที่เกิดจากเชื้อไวรัส คือ แคระแกร็น ใบ ก้านใบ และดอก ลดขนาด จนไปถึงไม่แสดงอาการผิดปกติ ขึ้นกับชนิดของเชื้อไวรอยด์และพืชอาศัย เช่น เชื้อ PSTVd ก่อให้เกิดอาการหัวมันบิดยาวแหลมในมันฝรั่ง, เชื้อ CEVd ก่อให้เกิดอาการต้นเตี้ยแคระแกร็น เปลือกลำต้นแตกร่อน และมีอาการใบหดลดรูปและเซลล์ตาย (necrosis) ในพืชกลุ่มส้ม, เชื้อ CCCVd ก่อให้เกิดอาการ chlorotic spot บนใบมะพร้าว ทำให้ผลที่ได้มีขนาดเล็กลง และทำให้พืชตายในที่สุด, เชื้อ Columnea latent viroid (CLVd) ก่อให้เกิดอาการต้นเตี้ยแคระแกร็น ใบเหลืองบิดม้วนและมีอาการเซลล์ตายที่เส้นใบ ก้านใบ และกิ่งในมะเขือเทศ, เชื้อ Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) ก่อให้เกิดอาการ ต้นเตี้ยแคระแกร็น และดอกเล็กลีบในเบญจมาศ นอกจากนี้ยังมีไวรอยด์อีกหลายชนิดที่ไม่แสดงอาการผิดปกติในพืชอาศัย (latent) เช่น เชื้อ Hop latent viroid (HLVd) Coleus blumei viroid (CbVd) และ PLMVd โดยทั่วไปความรุนแรงของอาการจะขึ้นกับสภาพภูมิอากาศ ไวรอยด์จะแสดงอาการของโรคในช่วงอุณหภูมิที่สูงกว่า 20 องศาเซลเซียส และจะแสดงอาการที่รุนแรงและชัดเจนเมื่ออุณหภูมิสูงขึ้น

• อาการ necrosis (เซลล์ตาย) ตามก้านและเส้นใบที่เกิดจากเชื้อ Columnea latent viroid บนมะเขือเทศ

• อาการผลลดขนาดในมะเขือเทศที่เกิดจากเชื้อ Columnea latent viroid

• อาการใบจุดเหลืองที่เกิดจากเชื้อ Grapevine yellow speckle viroid บนใบองุ่น

• ลักษณะอาการผิดปกติของมะอึก (Solanum stramonifolium Jacq.) ที่เกิดจากการเข้าทำลายของเชื้อ Columnea latent viroid ทำให้พืชแคระแกรนอย่างรุนแรง

• ภาพแสดงอาการผิดปกติจากเชื้อ Columnea latent viroid บนพริก ก่อให้เกิดอาการ necrosis ที่บริเวณเส้นใบและก้านใบ