การถ่ายทอดโรคของเชื้อ พบว่าเชื้อไวรอยด์เกือบทั้งหมดถ่ายทอดโรคโดยวิธีกลเป็นหลัก เช่นการปนเปื้อนของเครื่องมือและเครื่องจักรกลการเกษตร รวมถึงการติดตา ต่อกิ่ง ไวรอยด์หลายชนิดสามารถถ่ายทอดโรคผ่านทางเมล็ดพันธุ์และละอองเกสรได้ เช่น เชื้อ PSTVd CbVd HSVd GYSVd (Grapevine yellow speckle viroid) ASBVd และ CLVd นอกจากนี้ไวรอยด์บางชนิดยังสามารถถ่ายทอดโรคผ่านทางเพลี้ยอ่อนได้ เช่น PSTVd TPMVd (Tomato planta macho viroid) และ TASVd (Tomato apical stunt viroid)