ไวรอยด์สามารถจัดจำแนกเป็น 2 วงศ์ตามลักษณะโครงสร้างของสารพันธุกรรมและกลไกการเพิ่มจำนวน คือ Avsunviroidae และ Pospiviroidae โดยวงศ์ Avsunviroidae ยังจำแนกย่อยออกเป็น 2 สกุลคือ Avsunviroid และ Pelamoviroid ส่วนวงศ์ Pospiviroidae จำแนกย่อยออกเป็น 5 สกุลคือ Pospiviroid Hostuviroid Cocadviroid Apscaviroid และ Coleviroid