ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม (อังกฤษ: Genetically modified food controversies) เป็นความขัดแย้งกันในเรื่องการบริโภคอาหารและผลิตภัณฑ์อย่างอื่น ๆ ที่ทำมาจากพืชดัดแปรพันธุกรรม ไม่ใช่จากพืชปลูกโดยวิธีตามที่เคยทำมาก่อน (คือแบบธรรมดา) และในเรื่องการใช้พันธุวิศวกรรมแบบอื่น ๆ ในกระบวนการผลิตอาหารเป็นความขัดแย้งกันระหว่างผู้บริโภค เกษตรกร บริษัทเทคโนโลยีชีวภาพ องค์กรควบคุมของรัฐ องค์การนอกภาครัฐ และนักวิทยาศาสตร์ข้อโต้เถียงสำคัญรวมทั้งแม้ว่าสาธารณชนจะกังวลว่า การบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมอาจเป็นอันตราย แต่ก็มีมติที่คล้องจองกันโดยทั่วไปจากนักวิทยาศาสตร์ว่า อาหารวางขายในตลาดที่มาจากพืชเหล่านี้ เสี่ยงต่อสุขภาพมนุษย์ไม่มากไปกว่าอาหารธรรมดา[1][2][3]ยังไม่เคยมีรายงานที่เชื่อถือได้ว่า มีผลเสียหายต่อสุขภาพมนุษย์เนื่องจากอาหารดัดแปรพันธุกรรม[4][5][6]ดังนั้น นักวิทยาศาสตร์จึงมักจะเป็นห่วงเรื่องโอกาสความเสียหายต่อระบบนิเวศมากกว่าส่วนองค์กรควบคุมอาหารจะตรวจสอบความปลอดภัยเริ่มที่การประเมินว่า อาหารพันธุวิศวกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารที่ไม่ได้ผ่านกระบวนการเช่นนั้น ที่ยอมรับกันแล้วว่าเหมาะสมเพื่อการบริโภคของมนุษย์หรือไม่[7][8][9][10]แม้ว่า การขึ้นป้ายอาหารว่า เป็นผลิตภัณฑ์จากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (genetically modified organism หรือ GMO) จะบังคับใช้ในหลายประเทศ แต่ก็ไม่ได้บังคับใช้ในประเทศสหรัฐอเมริกา หรือแคนาดา นอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐ ยังไม่ยอมรับความแตกต่างกันระหว่างอาหารจาก GMO กับอาหารที่ไม่ใช่อีกด้วยองค์กรที่ต่อต้าน GMO เช่น Organic Consumers Association, Union of Concerned Scientists, และกรีนพีซ อ้างว่า ความเสี่ยงต่าง ๆ ยังไม่ได้ศึกษาและควบคุมให้ดี นอกจากนั้นแล้ว ยังตั้งความสงสัยในความเป็นกลางขององค์กรของรัฐที่มีหน้าที่ควบคุมดูแลนอกจากองค์กรเหล่านี้ ยังมีสมาคมเกี่ยวกับสุขภาพต่าง ๆ ที่อ้างว่า ยังไม่มีคำตอบเกี่ยวกับผลระยะยาวต่อสุขภาพมนุษย์ และดังนั้น จึงเสนอให้บังคับการขึ้นป้ายอาหาร[11][12]หรือให้ระงับการใช้ไว้ช่วยคราว[13][14][15]ประเด็นความกังวลรวมทั้งการปะปนกันระหว่างผลิตภัณฑ์อาหาร GMO และที่ไม่ใช่[16]ผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม[13][15]ความเข้มงวดของกระบวนการควบคุม[14][17]และการรวมอำนาจการควบคุมแหล่งอาหารของบริษัทที่ผลิตและขายสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม[13]