การตีพิมพ์ข้อมูลความปลอดภัยและผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมมักจะทำให้เกิดการขัดแย้งกรณีแรก ๆ กรณีหนึ่ง เกิดขึ้นในปี 2542 เมื่อวารสารวิชาการทางวิทยาศาสตร์ เนเจอร์ พิมพ์ผลงานที่แสดงพิษภัยที่อาจจะมีของข้าวโพดดัดแปลงพันธุกรรม (Bt maize) กับแมลงผีเสื้อซึ่งมีผลเป็นความวุ่นวายในสาธารณชนและเป็นการประท้วงแต่ว่า โดยปี 2544 ได้มีงานศึกษาที่ติดตามมาอีกหลายงานที่สรุปว่า "ละอองเรณูของ Bt maize ชนิดสามัญต่าง ๆ ไม่มีพิษต่อตัวอ่อนของผีเสื้อพันธุ์ Danaus plexippus (Monarch butterfly) ในระดับความเข้มข้นที่ผีเสื้อจะพบจริง ๆ ในสนาม" ซึ่งปิดประเด็นปัญหาในเรื่องนั้น[90]นักวิทยาศาสตร์ที่เป็นห่วง จึงเริ่มตรวจสอบวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์แล้วแสดงปฏิกิริยาที่ชัดเจน ทั้งโดยส่วนตัวทั้งในสาธารณชน เพื่อทำลายความน่าเชื่อถือของความเห็นที่ตนเห็นว่าคลาดเคลื่อน เพื่อป้องกันการคัดค้านจากสาธารณชนและการบังคับใช้กฎหมายที่ไร้เหตุผล[90]ในปี 2556 บทความหนึ่งในนิตยสารวิทยาศาสตร์ Scientific American ให้ข้อสังเกตว่า มีเพียงนักชีววิทยาเป็นส่วนน้อยกระจิริด ที่ได้ตีพิมพ์เหตุข้อกังวลเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรม แต่ก็กล่าวด้วยว่า นักวิทยาศาสตร์ที่สนับสนุน GMO ในการผลิตอาหาร มักจะให้ความสำคัญกับเหตุข้อกังวลเหล่านั้นน้อยไป[91]

ก่อนปี พ.ศ. 2553 นักวิทยาศาสตร์ที่ต้องการทำงานวิจัยกับพืชหรือเมล็ดพืชดัดแปรพันธุกรรรม ไม่สามารถจะทำได้เพราะว่ามีสัญญาผู้ใช้ (end-user agreement) ที่จำกัดเกินไปต่อมาก็เกิดนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่ต่อต้านข้อจำกัดเช่นนั้นแล้วส่งคำแถลงการณ์ไปยังสำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐ (EPA) ในปี 2552 โดยประท้วงว่า"เพราะเหตุที่เข้าถึงได้อย่างจำกัด จึงไม่สามารถจะทำงานวิจัยที่เป็นอิสระอย่างแท้จริงและที่ถูกต้องตามกฎหมาย เกี่ยวกับคำถามสำคัญต่าง ๆ เกี่ยวกับเทคโนโลยีนี้"[92]บทความบรรณาธิการในปี 2552 ของนิตยสาร Scientific American อ้างนักวิทยาศาสตรผู้หนึ่งผู้กล่าวว่า มีงานศึกษาหลายงานที่ได้รับอนุมัติจากบริษัท แต่ต่อมาก็ถูกห้ามไม่ให้ตีพิมพ์เผยแพร่ผลงานเมื่อไม่แสดงผลที่น่าชอบใจคณะบรรณาธิการจึงเสนอให้ EPA บังคับว่า การอนุมัติพืชดัดแปรพันธุกรรมจะทำได้ก็ต่อเมื่อบริษัทเปิดโอกาสให้นักวิจัยอิสระเข้าถึงผลิตภัณฑ์เพื่องานวิจัยได้อย่างไม่จำกัด แม้ว่าคณะบรรณาธิการจะเห็นด้วยกับการปกป้องทรัพย์สินทางปัญญา[93]

ต่อมาในเดือนธันวาคม 2552 สมาคมการค้าเมล็ดอเมริกัน (American Seed Trade Association) ตกลงที่จะ "อนุญาตผู้วิจัยสาธารณะ ให้มีอิสระมากขึ้นในการศึกษาผลกระทบของพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ใช้ทำอาหาร"โดยมีบริษัทเซ็นให้สัญญาแบบรวม ๆ ที่จะอนุญาตงานวิจัยเช่นนี้ ซึ่งทำให้นักวิทยาศาสตร์เป็นจำนวนมากรู้สึกดีต่ออนาคต[94]โดยมีนักวิทยาศาสตร์ท่านหนึ่งจาก Agricultural Research Service (ARS) ซึ่งเป็นองค์กรหนึ่งของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ได้กล่าวไว้ว่า "[สัญญานี้] ดีและเฉพาะเจาะจงมาก ARS จะสามารถทำทุกสิ่งทุกอย่างโดยทั่วไปตามที่ต้องการ"แต่ว่า ก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์บางพวกที่ยังเป็นห่วงกังวลว่า สัญญานี้จะมีผล "เปลี่ยนแปลงภาวะแวดล้อมงานวิจัยที่เต็มไปด้วยการกีดขวางและความไม่ไว้วางใจ" ได้หรือไม่[92]คือความจริงมอนแซนโตก็ได้มีสัญญางานวิจัย (คือ Academic Research Licenses - สัญญาอนุญาตงานวิจัยวิชาการ) กับมหาวิทยาลัยประมาณ 100 แห่งอยู่แล้ว ที่อนุญาตให้นักวิทยาศาสตร์ของมหาวิทยาลัย สามารถทำงานวิจัยกับผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมของบริษัท โดยที่บริษัทไม่เข้าไปควบคุมจัดการ[95]

โดยปี พ.ศ. 2546 การทดสอบภาคสนามของพืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดลง 87% จากปี 2541 เนื่องจากการถอนตัวของบริษัทต่าง ๆ เพราะเหตุ "สถานกาณ์ทางกฎหมายที่ไม่ชัดเจน การยอมรับผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมในระดับต่ำของสาธารณชน และตลาดที่ไม่แน่นอน" และการตัดงบประมาณให้ทุนจากภาครัฐ[96]

งานปฏิทัศน์ปี 2556 กับสิ่งตีพิมพ์ 1,783 บทความระหว่างปี 2545-2556 เกี่ยวกับพืชและอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มีหลักฐานที่น่าเชื่อถือว่ามีอันตรายจากการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในเวลานั้น ๆ[97]และ Biology Fortified, Inc. (เรียกสั้น ๆ ว่า Biofortified) ซึ่งเป็นองค์การไม่แสวงหาผลกำไรอิสระ ที่มีจุดประสงค์เพื่อให้ข้อมูลความจริงและสนับสนุนการอภิปรายประเด็นต่าง ๆ เกี่ยวกับเกษตรกรรม โดยเฉพาะในเรื่องพันธุศาสตร์และพันธุวิศวกรรม[98]ได้วางแผนเพื่อเพิ่มสิ่งตีพิมพ์อื่น ๆ รวมกับงานที่รวบรวมโดยงานปฏิทัศน์ปี 2556 ในฐานข้อมูลขององค์กรซึ่งรวบรวมงานศึกษาเกี่ยวกับพืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นฐานข้อมูลที่เรียกว่า GENERA[99][100]

มีงานวิเคราะห์ในปี 2554 ที่ปฏิทัศน์งานศึกษา 94 งานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน เกี่ยวกับความปลอดภัยของ GMO เพื่อประเมินว่าความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์ (conflicts of interest) มีสหสัมพันธ์กับผลที่แสดง GMO ในทางบวกหรือไม่แล้วพบว่าแม้ว่าจะไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างการขัดกันทางผลประโยชน์กับผลที่ได้ (p = 0.631) แต่ว่าก็ยังมีสหสัมพันธ์ระหว่างความเกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรม (คือมีความขัดแย้งกันทางอาชีพ) กับผลของการศึกษา (p < 0.001)[101]แต่ว่า ในบรรดางานศึกษา 94 งาน 52% ไม่ได้แจ้งเรื่องแหล่งเงินทุน 10% จัดว่า "กำหนดไม่ได้" ในเรื่องความขัดแย้งกันทางอาชีพ และในบรรดางาน 43 งานที่มีความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์หรือทางอาชีพ งาน 28 งานเป็นแบบ "compositional"และตามอดีตนักปฏิบัติการหัวรุนแรงผู้หนึ่ง ความสัมพันธ์ระหว่างความขัดแย้งกันทางอาชีพและผลบวกที่ได้ อาจจะไม่ถูกต้อง เพราะว่า บริษัทมักจะว่าจ้างผู้ทำงานอิสระ เพื่อทำงานศึกษาต่อเมื่อพบผลบวกในงานวิจัยที่ทำในบริษัทแล้วแต่ว่าถ้ามีผลลบ ก็จะไม่ทำการศึกษาต่อ ๆ ไปในเรื่องนั้น ๆ[102]ดังนั้น งานวิจัยที่บริษัทว่าจ้าง จะมีโอกาสสูงกว่าที่แสดงผลบวก