โดยดั้งเดิมแล้ว จะมีการเก็บกาแฟขี้ชะมดจากมูลของชะมดป่าที่พบรอบ ๆ ไร่กาแฟระบบการผลิตที่ไม่เหมือนใครเช่นนี้ ทำให้กาแฟมีน้อย และมีราคาแพงแต่เริ่มพึ่งเร็ว ๆ นี้ มีฟารม์ชะมดในเอเชียอาคเนย์ที่กำลังเพิ่มพูนจำนวนมีผลเป็นชะมดเป็นหมื่น ๆ ตัวต้องถูกขังอยู่ในกรง (คล้ายกรงไก่ในฟาร์มไก่) และถูกบังคับเรื่องการกิน[ต้องการอ้างอิง]

คริส เช็บเฟิร์ด ผู้เป็นรองผู้อำนวยการประจำเขตเอเชียอาคเนย์ขององค์การนอกภาครัฐ Traffic ซึ่งเป็นองค์กรมีเป้าหมายในการลดความเสี่ยงความสูญพันธุ์ของสัตว์และพืชที่มีการค้าขาย ได้กล่าวไว้ว่า

สภาพ (ของชะมด) แย่มาก เหมือนกับไก่ถูกขังในกรง (ในฟาร์มอุตสาหกรรม)...

ชะมดจะถูกจับมาจากป่า และจะต้องทนต่อสภาพที่น่าสะพรึงกลัวหลายอย่างพวกมันจะต่อสู้เพื่อที่จะอยู่ด้วยกัน แต่ก็ต้องมาแยกจากกัน และจะต้องทนต่ออาหารที่แย่มาก ๆ ในกรงที่เล็ก ๆมีอัตราการตายในระดับสูงสำหรับชะมดบางประเภท เป็นความเสี่ยงที่สำคัญต่อการอนุรักษ์ชะมดสภาพเช่นนี้กำลังเพิ่มพูนอย่างต่อเนื่องและควบคุมไม่ได้ แต่สาธารณชนทั่วไปยังไม่ค่อยรู้ว่ากาแฟขี้ชะมดนั้นทำมาอย่างไรเราควรจะรับรู้ว่า ชะมดเป็นหมื่น ๆ ตัวกำลังถูกขังอยู่ในสถานการณ์เช่นนี้(ผมเชื่อว่า) เราจะรู้สึกสะอิดสะเอียนกับกาแฟ (ขี้ชะมด) ถ้ารู้[5]

ในปี ค.ศ. 2013 การตรวจสอบโดยองค์กรการกุศล People for the Ethical Treatment of Animals (มนุษย์เพื่อการปฏิบัติที่มีจริยธรรมต่อสัตว์) ซึ่งมีสโลแกนว่า "สัตว์ไม่ใช่ของเราเพื่อกิน ใส่ ทดลอง ใช้เพื่อการบันเทิง หรือทำทารุณกรรมอย่างใดอย่างหนึ่ง" พบว่า ชะมดป่าถูกจับขังไว้ในฟาร์มในประเทศอินโดนีเซียและประเทศฟิลิปปินส์ชะมดไม่มีโอกาสที่จะวิ่งไปวิ่งมา ขาดอาหารที่สมควร และไม่มีที่อยู่ที่เพียงพอคลิปภาพยนตร์ที่ถ่ายในงานตรวจสอบแสดงพฤติกรรมผิดปกติของชะมดเช่น การเดินกลับไปกลับมา การเดินหมุน และการกัดกรงขนชะมดบ่อยครั้งจะหลุดออก (ดูวิดิโอ Kopi Luwak - Cruelty in Every Cup (เสียงบรรยายเป็นอังกฤษ)) [11]

นายโทนี่ ไวลด์ นักการตลาดที่เริ่มนำกาแฟขี้ชะมดไปขายในประเทศตะวันตกกล่าวว่า เขาไม่สนับสนุนการบริโภคกาแฟขี้ชะมดอีกต่อไปเพราะเหตุทารุณกรรมต่อสัตว์ และได้เริ่มการรณรงค์ที่ใช้ชื่อว่า "Cut the Crap (ตัดขี้นั้นออก)"[30] เพื่อหยุดการบริโภคกาแฟขี้ชะมด[31]

ชาวไร่ที่เลี้ยงชะมดขังในเมือง Takengon เกาะสุมาตราเหนือ ได้ยืนยันต่อเจ้าหน้าที่ของ BBC ว่าตนส่งเมล็ดกาแฟขี้ชะมดขายให้กับผู้ส่งออกที่ส่งผลิตภัณฑ์ไปยังยุโรปและเอเชีย[7]