กำเนิดของกาแฟขี้ชะมดสืบเนื่องกับประวัติการผลิตกาแฟในประเทศอินโดนีเซียในต้นคริสต์ศตวรรษที่ 18 ชาวดัตช์ได้เริ่มทำไร่กาแฟซึ่งเป็นพืชเศรษฐกิจ ในอาณานิคมคือหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของดัตช์ รวมทั้งเกาะชวาและเกาะสุมาตรา กาแฟที่เริ่มปลูกเป็นกาแฟอาราบิกาจากประเทศเยเมนในสมัยที่มีกฎหมายบังคับปลูกพืช รัฐบาลดัชต์ห้ามทั้งชาวไร่กาแฟพื้นเมืองและคนงานจากการเก็บผลกาแฟเพื่อบริโภคเองแต่ว่า แม้กฎหมายก็ห้ามความต้องการที่จะลิ้มรสเครื่องดื่มกาแฟไม่ได้ไม่นานสักเท่าไร คนอินโดนีเซียก็เริ่มรู้ว่า ตัวอีเห็นข้างลาย (เป็นสัตว์ในวงศ์ชะมด) นั้นกินผลกาแฟแต่กลับถ่ายเมล็ดกาแฟออกมาทั้งดุ้นดังนั้น จึงเริ่มเก็บเมล็ดกาแฟจากมูลของชะมด แล้วทำความสะอาด คั่วแล้วบดเพื่อทำเครื่องดื่มกาแฟ[14] เรื่องความหอมของกาแฟขี้ชะมดจากนั้นจึงเริ่มกระจายไปจนกระทั่งเจ้าของไร่คนดัชต์รู้ ซึ่งก็กลายมาเป็นสิ่งที่นิยมชื่นชอบแต่ว่า เพราะมีน้อยและเป็นกระบวนการผลิตที่แปลก กาแฟขี้ชะมดจึงเป็นบริโภคภัณฑ์มีราคาแพงแม้ในช่วงสมัยล่าอาณานิคม[ต้องการอ้างอิง]