การบริหารและดำเนินงานของคณะวิทยาศาสตร์ มีคณบดีเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุด คณบดีมีวาระดำรงตำแหน่งคราวละ 4 ปี มีรองคณบดีเป็นผู้ช่วย แบ่งออกเป็น 7 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายแผนพัฒนาและกายภาพ ฝ่ายวิจัยและวิเทศสัมพันธ์ ฝ่ายพัฒนาองค์กร ฝ่ายพัฒนานิสิต ฝ่ายบริการวิชาการ ฝ่ายกิจการพิเศษ และยังมีผู้ช่วยคณบดีอีกจำนวนหนึ่ง[15]

คณะแบ่งออกเป็นภาควิชา จำนวน 13 ภาควิชา ได้แก่ภาควิชา คณิตศาสตร์ เคมี จุลชีววิทยา ชีวเคมี พฤกษศาสตร์ พันธุศาสตร์ ฟิสิกส์ รังสีประยุกต์และไอโซโทป วิทยาการคอมพิวเตอร์ วิทยาศาสตร์พื้นพิภพ วัสดุศาสตร์ สถิติ และสัตววิทยา[16] ในระดับภาควิชามีหัวหน้าภาควิชาเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบงานของภาควิชา หัวหน้าภาควิชาอยู่ในตำแหน่งคราวละ 2 ปี[17] และมีรองหัวหน้าภาควิชาเป็นผู้ช่วย

ทั้งนี้ ยังมีคณะกรรมการประจำคณะ ซึ่งประกอบด้วยคณบดีเป็นประธานกรรมการ หัวหน้าภาควิชาเป็นกรรมการโดยตำแหน่ง และแต่งตั้งอาจารย์หนึ่งคนเป็นกรรมการและเลขานุการ

นอกจากนี้ยังมีหน่วยงานสนับสนุนกลาง ได้แก่ สำนักงานเลขานุการคณะวิทยาศาสตร์[18] ทำหน้าที่ประสานงาน ดำเนินการ ติดตามประเมิลผล เพื่อให้นโยบายที่ผู้บริหารกำหนดไว้บรรลุตามวัตถุประสงค์ ซึ่งแบ่งออกเป็นหน่วยงานย่อย ได้แก่ หน่วยการเจ้าหน้าที่ หน่วยงานสารบรรณ หน่วยงานการเงินและบัญชี หน่วยงานพัสดุ หน่วยงานบริการการศึกษา[19] หน่วยงานนโยบายและแผนงานประกันคุณภาพ หน่วยงานวิเทศสัมพันธ์ ศูนย์บริการ ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์ และศูนย์วิจัยนิวเคลียร์เทคโนโลยี[20]