ภายในบริเวณพื้นที่ของคณะวิทยาศาสตร์มีต้นไม้สำคัญและต้นไม้มงคล ที่ถูกปลูกไว้โดยบุคคลสำคัญเพื่อเป็นอนุสรณ์และเพื่อความเป็นสิริมงคลแก่คณะในวาระพิเศษ ได้แก่

• ต้นไม้ที่สมเด็จเจ้าฟ้าฯ กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี ทรงปลูก

โดยได้ทรงปลูกต้นไม้ไว้เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่คณะวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นคณะที่ทรงศึกษา จำนวน 2 ต้น ตามข้อมูลการบันทึกและรวบรวมของ รศ.เทียมใจ คมกฤส[286] ดังนี้

Song of India (ชื่อวิทยาศาสตร์: Pleomele reflexa) ทรงปลูกต้นไม้ดังกล่าวตามคำกราบทูลเชิญของคณาจารย์ภาควิชาชีววิทยา โดยทรงปลูกไว้บริเวณหน้าตึกชีววิทยา (ปัจจุบัน คือ ตึกสัตววิทยา) เมื่อวันพุธ ที่ 20 สิงหาคม พ.ศ. 2518[287]

ชมพูพันธุ์ทิพย์ (ชื่อวิทยาศาสตร์: Tabebuia roseus) ทรงปลูกต้นไม้ดังกล่าวร่วมกับสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี จำนวน 2 ต้น โดยทรงปลูกไว้บริเวณพื้นที่ระหว่างตึกชีววิทยากับตึกเคมี ในกิจกรรมพัฒนาคณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์ เมื่อวันเสาร์ ที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2519

• ต้นไม้ที่สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ทรงปลูก

โดยได้ทรงปลูกต้นไม้ไว้เพื่อความเป็นมงคลของคณะวิทยาศาสตร์ ดังนี้

สาละลังกา (ชื่อวิทยาศาสตร์: Couroupita guianensis Aubl.) ทรงปลูกไม้มงคลดังกล่าวเป็นปฐมฤกษ์และเพื่อความเป็นสิริมงคลแก่คณะ ในพิธีเปิด “อาคารวิทยาศาสตร์ 25 ปี” (ปัจจุบัน คือ อาคารสุขประชา วาจานนท์) เมื่อวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2536 ซึ่งตรงกับวันสถาปนาคณะวิทยาศาสตร์ ครบรอบปีที่ 27[288] โดยทรงปลูกไว้บริเวณหน้าอาคารดังกล่าว ต่อมาได้ย้ายมาปลูกยังพื้นที่ปัจจุบัน คือบริเวณระหว่างตึกจุลชีววิทยา-พันธุศาสตร์ และตึกสถิติ-คณิตศาสตร์-คอมพิวเตอร์