แม้ว่าพระองค์จะเห็นว่าการทำสงครามเป็นสิ่งจำเป็นต่อญี่ปุ่น แต่พระองค์ก็ไม่ทรงเห็นด้วยกับกองทัพที่ดำเนินนโยบายการสงครามแบบบ้าระห่ำ เมื่อทรงทราบถึงแผนการโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ของสหรัฐอเมริกา พระองค์ทรงกังวลมิน้อยว่าการกระทำนี้จะส่งผลร้ายต่อญี่ปุ่น อย่างไรก็ตามพระองค์ทรงพอพระทัยอยู่เสมอเมื่อทรงทราบว่ากองทัพญี่ปุ่นได้ชัยชนะในศึกสงครามที่อยู่ห่างไกล ต้นเดือนมีนาคม พ.ศ. 2485 ทรงพอพระทัยไม่น้อยกับชัยชนะอันรวดเร็วของจักรวรรดิญี่ปุ่นที่มีเหนือเกาะฮ่องกง, กรุงมะนิลา, สิงคโปร์, ปัตตาเวีย (จาร์กาตา) และย่างกุ้ง

ขณะเดียวกัน ก็ทรงกังวลเกี่ยวกับปัญหาในการลำเลียงเสบียงและเชื้อเพลิงไปให้กับกองกำลังญี่ปุ่นที่กำลังรบอยู่ในสมรภูมิที่ห่างไกลมาตุภูมิ"ชัยชนะที่ได้มาออกจะเร็วไปหน่อย" พระองค์จึงมักจะทรงเตือนผู้นำทหารบกและทหารเรือให้ปรับปรุงการทำงานระหว่างสองกองทัพให้ประสานงานได้ดีขึ้น เพราะสภาพที่เป็นอยู่นั้นจัดว่าไร้ประสิทธิภาพโดยสิ้นเชิง และยังทรงเตือนให้สองกองทัพ เลิกใช้วิธีเหมือนเล่นการเมืองพาทะเลาะกันเรื่องการเคลื่อนย้ายฝูงบินเสียที เมื่อทรงได้รับรายงานเกี่ยวกับความปราชัยครั้งสำคัญของญี่ปุ่นเช่นที่ ยุทธนาวีมิดเวย์ จึงมีแต่พระราชดำรัสให้ผู้นำทหารทั้งหลายทำงานของตนให้ดีที่สุดในการปฏิบัติครั้งหน้า โดยแทบจะมิได้ทรงแสดงอารมณ์ใด ๆ ออกมาอีก ราวกับทรงปลงเสียแล้ว

พระราชกรณียกิจที่ทรงปฏิบัติในระหว่างสงครามกระตุ้นให้ประชาชนฮึกเหิมกับศึกที่เกิดขึ้นด้วยอีกแรงหนึ่งไม่ว่าจะเป็นการทรงม้าขาวออกเสด็จตรวจกำลังพล หรือมีพระราชดำรัสเปิดการประชุมรัฐสภาที่ปลุกเร้ากำลังใจของราษฎรให้ช่วยกันพยายามเพื่อชัยชนะของประเทศตามหนังสือที่ร่างโดยรัฐบาล พระราชกรณียกิจเหล่านี้ล้วนสร้างภาพว่า พระองค์กำลังทรงบัญชาการความเคลื่อนไหวทั้งหมดของกองทัพในฐานะที่ทรงเป็นจอมทัพของชาติ ในความเป็นจริง พระองค์ทรงทำหน้าที่แค่ทอดพระเนตรรายงานการสถานการณ์รบ และลงพระนามรับรองแผนปฏิบัติการทางทหารต่างๆเท่านั้น สมเด็จพระจักรพรรดิฮิโระฮิโตะมิได้ทรงมีส่วนในการบัญชาการรบใดๆ เช่นเมื่อนานกิงถูกตีแตกในปี พ.ศ. 2480 และทหารญี่ปุ่นได้สังหารพลเรือนไปกว่าสองแสนคนนั้น รายงานที่ถวายไปยังพระองค์ระบุแค่ว่า กองทัพสามารถยึดนานกิงได้แล้ว

จักรพรรดิทรงเห็นว่า ญี่ปุ่นได้รับชัยชนะและดินแดนมามากเกินพอแล้ว การทำสงครามต่ออาจจะส่งผลร้ายในภายหลัง ทรงอยากให้กองทัพญี่ปุ่นยุติสงครามโดยไวที่สุด ดังในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 พระองค์มีพระราชดำรัสให้พลเอกฮิเดะกิ โทโจ นายกรัฐมนตรีรับทราบข้อเท็จจริงข้อนี้"ฉันหวังว่าตลอดเวลาที่ผ่านมานี้ ท่านได้ใช้ความพยายามอย่างที่สุด และใช้ทุกโอกาสที่มีอยู่เพื่อยุติการประหัตประหารในทันทีที่สามารถทำได้ ถ้าคิดถึงความสงบสุขของมนุษย์ด้วยกันแล้ว การปล่อยให้สงครามยืดเยื้อต่อไปก็รังแต่จะเปล่าประโยชน์...ฉันเกรงว่า ประสิทธิภาพทหารเราอาจจะด้อยลง หากสงครามต้องยืดเยื้อ" แต่โทโจก็ยังยืนยันถึงความจำเป็นในการทำสงครามต่อไป

แม้กระแสการรบจะพัดย้อนไปกระหน่ำญี่ปุ่นแทน สงครามก็ยังไม่อาจยุติลงได้ ดูเหมือนว่าจักรพรรดิฮิโระฮิโตะกลับเป็นผู้ต่อเวลาทำสงครามออกไปเสียเองถึง 2 ทางด้วยกันประการแรก แม้ในช่วงแรก ๆ จะมีขบวนการสันติภาพที่ก่อตั้งขึ้นโดยอดีตนายกรัฐมนตรี ข้าราชสำนัก และแม้กระทั่งเชื้อพระวงศ์บางองค์ แต่สมเด็จพระจักรพรรดิก็ไม่ทรงยอดปลดโทโจออกตามคำเรียกร้องของสมาชิกขบวนการที่ต้องการจะหยุดยั้งสงครามไว้ให้ได้ เพราะในระหว่างยังไงเสียญี่ปุ่นก็ต้องอาศัยโทโจดำเนินการรบไปจนกว่าสถานะของญี่ปุ่นในการเจรจาสันติภาพจะดีขึ้น และบรรลุเงื่อนไขตามที่ญี่ปุ่นต่อรอง โดยพระองค์ตรัสกับ เจ้าทะกะมะสึ พระอนุชาองค์รองว่า

"ใครๆก็ว่าโทโจไม่ดี แต่จะหาใครดีไปกว่านี้ได้อีกไหมในเมื่อมันไม่มีคนที่เหมาะสมกว่า ยังจะมีทางเลือกอื่น นอกจากร่วมงานกับคณะของโทโจหรือ"