ในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1930 ชินโตแบบรัฐได้รับความสำคัญเป็นอย่างมาก เพื่อใช้ในการส่งเสริมชาตินิยมญี่ปุ่นและผสมผสานทางวัฒนธรรมปาเลาให้เข้ากับบรรทัดฐานแบบญี่ปุ่น โดยมีการก่อสร้างศาลเจ้าขึ้นจำนวนหนึ่งในปาเลา ศาลเจ้าที่ถือว่ามีความสำคัญคือศาลเจ้านันโย ซึ่งสร้างแล้วเสร็จที่คอรอร์ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1940 และเป็นศูนย์กลางศาลเจ้าในภูมิภาคไมโครนีเซีย นอกจากนี้การมีส่วนร่วมของพลเรือนในพิธีกรรมชินโตก็ได้รับการให้ความสำคัญเช่นกัน โดยมุ่งเน้นไปที่อุดมคติวัฒนธรรมญี่ปุ่นและการถวายสักการะแด่จักรพรรดิญี่ปุ่น[47] สำหรับคณะผู้สอนศาสนาชินโต, พุทธศาสนาแบบเซ็นและเท็นริเกียวได้รับการสนับสนุนให้จัดตั้งคณะผู้สอนศาสนา โดยพบว่าวัดในพุทธศาสนาแห่งแรกในปาเลาสร้างขึ้นใน ค.ศ. 1926 โดยมีจุดประสงค์สำคัญเพื่อให้บริการทางจิตวิญญาณแด่ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวญี่ปุ่น อย่างไรก็ตามมีรายงานว่าผู้ตั้งถิ่นฐานชาวญี่ปุ่นรุ่นแรก ๆ ได้สร้างศาลเจ้าขนาดเล็กในนิคมเกษตรกรรมของพวกเขา ก่อนที่รัฐบาลพลเรือนจะส่งเสริมคณะผู้สอนศาสนาในปาเลา[48]

ในระยะแรก คณะผู้สอนศาสนาคริสต์ยังได้รับการสนับสนุนทางการเงินจากรัฐบาลพลเรือนญี่ปุ่นและได้รับการส่งเสริมให้ขจัดพิธีกรรมวิญญาณนิยม (Animism) ที่ชาวปาเลาถือปฏิบัติ อย่างไรก็ตามนับตั้งแต่ปลายคริสต์ทศวรรษ 1930 มีการคุมขังมิชชันนารีเหล่านี้ เนื่องจากญี่ปุ่นสงสัยว่ามิชชันนารีมีส่วนเกี่ยวข้องกับการจารกรรม[49] หลังสงครามสิ้นสุดลง ศาลเจ้าหลายแห่งถูกทิ้งร้างหรือทำลาย ขณะที่ชาวญี่ปุ่น-ปาเลาเลือกที่จะนับถือศาสนาคริสต์มากกว่าศาสนาพุทธหรือชินโต[50] ในคริสต์ทศวรรษ 1980–90 ได้มีการก่อกสร้างแบบจำลองขนาดเล็กของศาลเจ้าชินโตที่เปเลลิวและอาเงาร์ขึ้นใหม่อีกครั้ง โดยศาลเจ้าที่สร้างขึ้นใหม่นี้มีวัตถุประสงค์ต่างจากสมัยอาณานิคมญี่ปุ่น กล่าวคือมีไว้เพื่อระลึกถึงทหารญี่ปุ่นที่เสียชีวิตช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง ซึ่งนักท่องเที่ยวชาวญี่ปุ่นและครอบครัวของทหารผู้เสียชีวิตเป็นผู้เข้ามาเยี่ยมชมศาลเจ้าเหล่านี้[51][52]