รัฐบาลพลเรือนญี่ปุ่นส่งเสริมให้นักธุรกิจชาวญี่ปุ่นและผู้ตั้งถิ่นฐานขยายการทำเหมืองแร่ฟอสเฟตและการผลิตเนื้อมะพร้าวแห้ง ซึ่งเป็นกิจกรรมทางพาณิชย์ที่ทำกันมาตั้งแต่สมัยอาณานิคมเยอรมนี ในช่วงนี้มีการก่อสร้างสาธารณูปโภคใหม่ระหว่างเมือง เช่น ถนน ท่าเรือ การจ่ายไฟฟ้าและระบบท่อน้ำเสีย โอกาสในการหางานใหม่ทำให้มีผู้ย้ายถิ่นจากญี่ปุ่น โอกินาวะและเกาหลีมายังปาเลาเป็นจำนวนมาก กิจการของรัฐอย่างนันโยโคฮัตสึคาบูชิกิไคชา (บริษัทพัฒนาทะเลใต้) ก่อตั้งขึ้นใน ค.ศ. 1936 เพื่อปรับปรุงกิจกรรมทางเศรษฐกิจของหมู่เกาะให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น โดยมีวัตถุประสงค์ด้านการบริหารจัดการที่จะพัฒนาขีดความสามารถการพึ่งพาตนเองของปาเลา[61] ในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1930 คนเก็บไข่มุกชาวญี่ปุ่นเข้ามายังทะเลอาราฟูราเป็นประจำ และจะหยุดพักที่ปาเลาระหว่างเดือนตุลาคมถึงเมษายน การเข้ามาของคนเก็บไข่มุกกจากญี่ปุ่นทำให้เกิดการพัฒนาอุตสาหกรรมท่องเที่ยวของเกาะ และมีผู้ตั้งถิ่นฐานชาวญี่ปุ่นบางคนจากไซปันเปิดร้านกาแฟ สำนักเกอิชาและร้านสุราในคอรอร์ เพื่อรองรับคนเก็บไข่มุกระหว่างที่หยุดพักในเดือนตุลาคมถึงเมษายน[62]

เมื่อญี่ปุ่นยอมจำนนใน ค.ศ. 1945 กิจการแลองค์กรทางเศรษฐกิจของญี่ปุ่นในปาเลาปิดตัวลง นับได้ว่าเป็นการยุติอิทธิพลของญี่ปุ่นต่อเศรษฐกิจของปาเลา ในช่วงสองทศวรรษแรกหลังสงคราม รัฐบาลยึดครองอเมริกันกำหนดการจำกัดทางการค้ากับญี่ปุ่นอย่างเข้มงวด[63] การติดต่อระหว่างปาเลาและญี่ปุ่นเกิดขึ้นอีกครั้งในคริสต์ทศวรรษ 1960 โดยเริ่มจากการที่ชาวประมงโอกินาวะได้รับสิทธิ์การทำประมง และต่อมาในช่วงกลางคริสต์ทศวรรษ 1970 จำนวนนักท่องเที่ยวชาวญี่ปุ่นที่เข้ามายังปาเลาเพิ่มจำนวนมากขึ้น[64] การเพิ่มขึ้นของนักท่องเที่ยวนำไปสู่การบูรณะแหล่งมรดกทั่วปาเลา โดยเฉพาะอย่างยิ่ง อนุสรณ์สถานและสิ่งปลูกสร้างของรัฐบาลในสมัยญี่ปุ่นปกครอง รวมไปถึงบ้านทรงยาวแบบปาเลาเพื่อรองรับความสนใจของนักท่องเที่ยวญี่ปุ่น ซึ่งมีจำนวนครึ่งหนึ่งของนักท่องเที่ยวทั้งหมด แหล่งท่องเที่ยวในปาเลาหลายแห่งบริหารจัดการโดยประชาชนปาเลาที่มีเชื้อสายญี่ปุ่น-ปาเลา ซึ่งมีความรู้ด้านประเพณีและภาษาทั้งญี่ปุ่นและปาเลา ซึ่งช่วยในการจัดการกลุ่มนักท่องเที่ยวชาวญี่ปุ่นได้ง่ายยิ่งขึ้น[65]