ในการเกษตร พิษของน้ำมันเมล็ดฝ้ายที่ไม่กำจัดอาจเป็นเรื่องมีประโยชน์ น้ำมันต่าง ๆ รวมทั้งน้ำมันพืชได้ใช้เป็นศตวรรษ ๆ เพื่อควบคุมแมลงและไรที่เป็นศัตรูพืช[59]ในปี 2010 มีการใช้น้ำมันเมล็ดฝ้ายเพื่อป้องกันลำต้นของต้นแอปเปิลจากผีเสื้อพันธุ์ Synanthedon myopaeformis ซึ่งขุดรูเข้าไปในเปลือกไม้และอาจทำให้ต้นไม้ตายได้[60]น้ำมันทั่วไปจัดว่ามีฤทธิ์ฆ่าแมลงแรงที่สุดในบรรดาน้ำมันพืชทั้งหลาย[59]