แม้ว่าเมื่อเริ่มแรกรัฐสภาจะสนับสนุนพระเจ้าชาลส์แต่นโยบายทางการศาสนาและการสงครามของพระองค์ระหว่างคริสต์ทศวรรษ 1670 ทำให้รัฐบาลคาวาเลียร์เกิดความแตกแยกจากพระองค์ ในปี ค.ศ. 1672 พระเจ้าชาลส์ทรงออกพระราชปฏิญญาพระคุณการุญที่หยุดยั้งการลงโทษทางกฎหมายอาญาต่อผู้นับถือโรมันคาทอลิกและผู้เป็นปฏิปักษ์ทางศาสนาทั้งหมด ในปีเดียวกันก็ทรงหันไปสนับสนุนฝรั่งเศสโรมันคาทอลิกอย่างเปิดเผยและทรงเริ่มสงครามอังกฤษ-เนเธอร์แลนด์ครั้งที่สาม[41]

รัฐบาลคาวาเลียร์มีปฏิกิริยาต่อต้านพระราชปฏิญญาเพราะเป็นการออกพระราชประกาศที่ขัดกับรัฐธรรมนูญ (โดยอ้างว่าพระมหากษัตริย์ไม่มีสิทธิในการระงับกฎหมายโดยปราศจากเหตุผล) แทนที่จะขัดกับเหตุผลทางการเมือง สมเด็จพระเจ้าชาลส์ทรงถอนพระราชประกาศและทรงยอมตกลงใน พระราชบัญญัติทดสอบ (Test Act) ซึ่งไม่แต่จะเรียกร้องให้ผู้รับราชการต้องรับยูคาริสต์ตามแบบที่คริสตจักรแห่งอังกฤษระบุ[42] แต่ยังบังคับให้ประณามคำสอนบางอย่างของนิกายโรมันคาทอลิกว่าเป็น “ความเชื่องมงายและการบูชารูปเคารพ”[43] บารอนคลิฟฟอร์ดผู้เปลี่ยนไปนับถือโรมันคาทอลิกลาออกแทนที่จะยอมปฏิญาณตามกฎที่ออกใหม่ไม่นานก่อนที่จะถึงแก่อสัญกรรม ภายในปี ค.ศ. 1674 อังกฤษก็ไม่มีความคืบหน้าในสงครามกับเนเธอร์แลนด์ ทางฝ่ายรัฐบาลคาวาเลียร์ไม่ยอมออกทุนในการทำสงครามต่อ ซึ่งเป็นการบังคับให้พระเจ้าชาลส์หาวิธีสงบศึก อำนาจขององคมนตรีคาบาลก็เริ่มลดน้อยลงในขณะเดียวกันอำนาจของทอมัส ออสบอร์น ดยุกแห่งลีดส์ที่ 1 หรือลอร์ดแดนบีย์ ผู้ที่มาแทนบารอนคลิฟฟอร์ดก็เพิ่มมากขึ้น

ในด้านส่วนพระองค์พระนางแคเธอรินแห่งบราแกนซาไม่ทรงสามารถมีพระราชโอรสธิดาได้ ทรงตั้งครรภ์สี่ครั้งแต่ก็จบลงด้วยการแท้งหรือสิ้นพระชนม์ในพระครรภ์ในปี ค.ศ. 1662, กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1666, พฤษภาคม ค.ศ. 1668 และมิถุนายน ค.ศ. 1669[3] “รัชทายาทโดยสันนิษฐาน” จึงเป็นเจมส์ ดยุกแห่งยอร์กพระอนุชาผู้ที่เป็นโรมันคาทอลิกผู้ที่ไม่ทรงเป็นที่นิยมแก่ประชาชน เพื่อที่จะบรรเทาความระแวงของประชาชนว่าราชสำนักเอียงไปทางโรมันคาทอลิกมากเกินไปสมเด็จพระเจ้าชาลส์จึงทรงจัดการเสกสมรสระหว่างเจ้าหญิงแมรีพระธิดาองค์โตของดยุกแห่งยอร์กกับเจ้าชายวิลเลียมแห่งออเรนจ์ผู้เป็นโปรเตสแตนต์[44]

ในปี ค.ศ. 1678, ไททัส โอตส์ผู้เคยเป็นทั้งอังกลิคันและอดีตนักบวชคณะเยสุอิตสร้างข่าวลือเรื่อง “การลอบวางแผนโพพิช” ที่เป็นข่าวลือที่กล่าวว่าเป็นแผนการที่จะปลงพระชนม์พระเจ้าชาลส์ และกล่าวพาดพิงว่าพระราชินีแคทเธอรีนว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับแผนนี้ แต่พระเจ้าชาลส์ไม่ทรงเชื่อข่าวลือและมีพระราชโองการให้ลอร์ดแดนบีย์สืบสวน แม้ว่าลอร์ดแดนบีย์จะมีความสงสัยว่าจะเป็นเพียงข่าวลือแต่รัฐบาลคาวาเลียร์ถือว่าเป็นเรื่องจริงจัง[45] ข่าวลือทำให้ประชาชนตกอยู่ในความรู้สึกต่อต้านผู้นับถือโรมันคาทอลิกอย่างรุนแรง[46] และมีการจับกุมผู้ที่ถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการคบคิดกันกันทั่วประเทศ บ้างก็ถูกลงโทษบ้างก็ถูกประหารชีวิตโดยไม่มีความผิด[47]

ต่อมาในปี ค.ศ. 1678 ลอร์ดแดนบีย์ก็ถูกปลดจากตำแหน่งโดยสภาสามัญชนในข้อหากบฏต่อแผ่นดิน แม้ว่าทั้งประเทศจะต้องการทำสงครามกับฝรั่งเศสพระเจ้าชาลส์ทรงเจรจาต่อรองอย่างลับ ๆ กับพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 เพื่อที่จะตกลงว่าอังกฤษจะทำตัวเป็นกลางเป็นการแลกเปลี่ยนกับเงินทดแทน ลอร์ดแดนบีย์ประกาศตัวว่าเป็นศัตรูกับฝรั่งเศสแต่ในทางส่วนตัวก็ตกลงทำตามพระราชประสงค์ของพระเจ้าชาลส์ แต่สภาสามัญชนไม่เชื่อว่าข่าวลือที่ว่าลอร์ดแดนบีย์มีส่วนร่วมโดยไม่เต็มใจและแต่เป็นผู้เขียนนโยบายด้วยตนเอง สมเด็จพระเจ้าชาลส์ทรงยุบสภาคาวาเลียร์ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1679[48] เพื่อที่จะช่วยลอร์ดแดนบีย์

รัฐสภาใหม่เริ่มประชุมในเดือนมีนาคมปีเดียวกันเป็นรัฐบาลที่ไม่เป็นปรปักษ์ต่อสมเด็จพระเจ้าชาลส์ เมื่อไม่รับการสนับสนุนจากรัฐสภาลอร์ดแดนบีย์ก็ลาออกจากตำแหน่งเจ้ากรมพระคลัง (Lord High Treasurer) แต่ได้รับพระราชทานอภัยโทษจากพระเจ้าชาลส์ แต่รัฐสภาไม่ยอมและประกาศว่าการยุบสภามิได้ระงับการไต่สวนของลอร์ดแดนบีย์ฉะนั้นการพระราชทานอภัยโทษจึงเป็นโมฆะ เมื่อสภาขุนนางพยายามลงโทษลอร์ดแดนบีย์โดยการเนรเทศ—ซึ่งสภาสามัญชนถือว่าน้อยไป—การไต่สวนจึงหยุดชะงักลงเพราะสองสภาตกลงกันไม่ได้ ในที่สุดพระเจ้าชาลส์ก็ทรงยอมฝ่ายตรงข้ามโดยทรงสั่งจำขังลอร์ดแดนบีย์ที่หอคอยแห่งลอนดอน ลอร์ดแดนบีจึงถูกจำขังอยู่ห้าปี[49]