พระเจ้าชาลส์ สจวตพระราชโอรสองค์โตของพระเจ้าชาลส์ที่ 1 แห่งสกอตแลนด์และไอร์แลนด์และพระนางอ็องเรียต มารี เสด็จพระราชสมภพที่พระราชวังเซนต์เจมส์เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม ค.ศ. 1630 และทรงรับบับติศมาเมื่อวันที่ 27 มิถุนายนโดยบิชอปวิลเลียม ลอด จากแองกลิคันผู้ขณะดำรงตำแหน่งเป็นบิชอปแห่งลอนดอน และทรงได้รับการเลี้ยงดูโดยแมรี แซกวิลล์ เคาน์เตสแห่งดอร์เซตผู้เป็นโปรเตสแตนต์ แต่ทรงมีพ่อแม่ทูลหัวเป็นโรมันคาทอลิกที่เป็นพระประยูรญาติทางพระมารดา ที่รวมทั้งพระเจ้าหลุยส์ที่ 13 แห่งฝรั่งเศสและพระนางมารี เด เมดีชีพระราชมารดาของพระเจ้าหลุยส์[2] พระองค์ทรงได้รับตำแหน่งดยุกแห่งคอร์นวอลล์และดยุกแห่งรอธซี เมื่อประสูติในฐานะที่เป็นพระราชโอรสองค์โตของพระมหากษัตริย์ เมื่อมีพระชนมายุได้ 8 พรรษาก็ทรงได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์ให้เป็นเจ้าชายแห่งเวลส์แต่มิได้มีพิธีแต่งตั้งอย่างเป็นทางการ[3]

ระหว่างคริสต์ทศวรรษ 1640 เมื่อยังทรงพระเยาว์ พระราชบิดาทรงต่อสู้กับกองทัพของฝ่ายรัฐสภาและพิวริตันในสงครามกลางเมืองอังกฤษ เจ้าชายชาลส์ทรงติดตามพระราชบิดาในยุทธการที่เอจฮิลล์ เมื่อมีพระชนมายุได้ 14 พรรษาก็ทรงเข้าร่วมในการรณรงค์ใน ค.ศ. 1645 และทรงได้รับแต่งตั้งแต่ในนามให้เป็นผู้บังคับบัญชาทหารแห่งเวสต์คันทรี[4] ในฤดูใบไม้ผลิของปี ค.ศ. 1646 พระราชบิดาก็พ่ายแพ้สงคราม เจ้าชายชาลส์จึงเสด็จหนีจากอังกฤษเพื่อความปลอดภัย โดยเสด็จไปหมู่เกาะซิลลีย์ก่อนที่จะเสด็จต่อไปเจอร์ซีย์ และในที่สุดก็ไปถึงฝรั่งเศสเพื่อไปสมทบกับพระราชมารดาประทับลี้ภัยอยู่ก่อนหน้านั้นแล้ว พร้อมกับพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสผู้เป็นลูกพี่ลูกน้องของพระองค์ซึ่งขณะนั้นมีพระชนมายุได้ 8 พรรษา[5]

ในปี ค.ศ. 1648 ระหว่างสงครามกลางเมืองอังกฤษครั้งที่ 2 เจ้าชายชาลส์ก็ทรงย้ายไปเฮกในเนเธอร์แลนด์ไปประทับกับเจ้าหญิงแมรีสจ๊วต (Mary Stuart) และวิลเลียมที่ 2 เจ้าชายแห่งออเรนจ์ พระสวามีเพราะทรงเชื่อว่าทั้งสองพระองค์อาจจะทรงสนับสนุนฝ่ายนิยมกษัตริย์มากกว่าพระญาติทางฝรั่งเศส[6] เมื่อทรงพยายามยกกองทัพไปช่วยพระราชบิดาแต่กองทัพภายใต้การนำของพระองค์ไปถึงสกอตแลนด์ไม่ทันที่จะสมทบกับกองกำลัง “Engagers” ที่สนับสนุนพระราชบิดาที่นำโดยเจมส์ แฮมิลตัน ดยุกที่ 1 แห่งแฮมิลตัน ก่อนที่จะพ่ายแพ้ในยุทธการที่เพรสตันในปี ค.ศ. 1648[7]ระหว่างที่ประทับอยู่ที่กรุงเฮกเจ้าชายชาลส์ทรงมีความสัมพันธ์กับลูซี วอลเตอร์อยู่พักหนึ่ง ผู้ต่อมาถึงกับอ้างว่าได้เจ้าชายชาลส์ทรงแต่งงานอย่างลับ ๆ ด้วย[8] ชาลส์มีพระโอรสกับลูซี วอลเตอร์คนหนึ่งคือเจมส์ ครอฟต์ส (ต่อมาเป็นเจมส์ สกอตต์ ดยุกที่ 1แห่งมอนมัธ ผู้ต่อมากลายมามีบทบาทสำคัญในทางการเมืองของอังกฤษ)

พระเจ้าชาลส์ที่ 1 พระราชบิดาของพระองค์ ทรงถูกจับกุมในปี ค.ศ. 1647 ทรงหลบหนีจากการคุมขังได้แต่ก็มาทรงถูกจับอีกครั้งหนึ่งในปี ค.ศ. 1648 แม้ว่าเจ้าชายชาลส์จะทรงพยายามหาทางช่วยทางการทูตในการปลดปล่อยพระองค์แต่ก็ไม่สำเร็จ ในที่สุดพระเจ้าชาลส์ที่ 1 ก็ทรงถูกปลงพระชนม์ในข้อหากบฏต่อแผ่นดินเมื่อวันอังคารที่ 30 มกราคม ค.ศ. 1649 หลังจากนั้นอังกฤษก็เข้าสู่สมัยสาธารณรัฐ