ทันทีที่พระเจ้าชาลส์ที่ 1 เสด็จสวรรคตรัฐสภาแห่งสกอตแลนด์ก็ประกาศแต่งตั้งให้เจ้าชายชาลส์ขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์สกอตแลนด์ต่อจากพระราชบิดาเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1649 แต่ทรงต้องยอมรับข้อแม้บางประการ พระเจ้าชาลส์ทรงจำยอมตามเงื่อนไขของรัฐสภาแห่งสกอตแลนด์ใน สนธิสัญญาเบรดาในปี ค.ศ. 1650 ที่สนับสนุน “Solemn League and Covenant” ในการใช้การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียนทั่วดินแดนอังกฤษ เมื่อเสด็จมาถึงสกอตแลนด์ในวันที่ 23 มิถุนายน ค.ศ. 1650 พระเจ้าชาลส์ก็ทรงตกลงตามข้อสัญญาอย่างเป็นทางการ แม้ว่าการละทิ้งการจัดระเบียบองคืการแบบอีพิสโคปัล จะทำให้ทรงเป็นที่นิยมในสกอตแลนด์แต่นโยบายดังกล่าวทำให้ความนิยมพระองค์ในอังกฤษลดถอยลง แต่ต่อมาพระองค์เองก็ทรงไม่พอพระทัยกับ “ความหน้าไหว้หลังหลอก” ของ กลุ่มคัฟเวอร์นันต์ (Covenanters) [9]

เมื่อวันที่ 3 กันยายน ค.ศ. 1650 กลุ่มคัฟเวอร์นันต์ก็พ่ายแพ้ในยุทธการที่ดันบาร์ต่อกองทหารที่มึกำลังน้อยกว่าที่นำโดยโอลิเวอร์ ครอมเวลล์ ฝ่ายสก็อตถูกแบ่งเป็นสองฝ่าย -- ฝ่าย “Engagers” และฝ่ายเพรสไบทีเรียน “คัฟเวอร์นันเตอร์” ซึ่งบางครั้งก็สู้กันเอง -- สมเด็จพระเจ้าชาลส์ทรงไม่พอพระทัยในกลุ่มคัฟเวอร์นันต์หนักขึ้นจนต้องทรงพยายามทรงม้าหลบหนีไปสมทบกับฝ่าย “Engagers” ในเดือนตุลาคมในเหตุการณ์ที่เรียกกันว่า “การเริ่มต้น” แต่เพียงสองวันต่อมากลุ่มเพรสไบทีเรียนก็ตามมาไปนำพระองค์กลับมา[10] แต่จะอย่างไรก็ตามสกอตแลนด์ก็ยังเป็นหัวใจสำคัญในโอกาสที่จะกู้ราชบัลลังก์อังกฤษคืน พระเจ้าชาลส์ทรงเข้าพิธีบรมราชาภิเษกเป็นพระมหากษัตริย์สกอตแลนด์ที่สโคนเมื่อวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 1651เมื่อทรงเห็นว่ากองทัพของครอมเวลล์เป็นปัญหาต่อความมั่นคงของสกอตแลนด์พระเจ้าชาลส์ก็ทรงตัดสินพระทัยยกกองทัพไปรุกรานอังกฤษ แม้ว่าชาวสกอตและฝ่ายนิยมกษัตริย์หลายคนจะไม่ยอมร่วมมือ พระองค์ทรงนำทัพลงอังกฤษแต่ก็ไปทรงพ่ายแพ้ที่ยุทธการวูสเตอร์เมื่อวันที่ 3 กันยายน ค.ศ. 1651 หลังจากนั้นก็ทรงต้องหลบหนีและครั้งหนึ่งทรงไปซ่อนพระองค์อยูในโพรงต้นโอ้คที่คฤหาสน์บอสโคเบล (Boscobel House) พระเจ้าชาลส์ทรงหลบหนีอยู่หกอาทิตย์ก่อนที่ออกจากอังกฤษได้ และทรงไปขึ้นฝั่งนอร์ม็องดีในฝรั่งเศสเมื่อวันที่ 16 ตุลาคม แม้ว่าจะมีค่าพระเศียรถึง £1,000 และการปลอมพระองค์หลบหนีก็ไม่ใช่ง่าย ๆ เพราะทรงสูงกว่า 6 ฟุต (185 ซม.) แต่ก็ไม่มีผู้ใดทรยศส่งตัวพระองค์ให้ฝ่ายรัฐสภา[11][12]

ทางด้านอังกฤษการแต่งตั้งครอมเวลล์ให้เป็น“เจ้าผู้อารักขา” ของเกาะอังกฤษก็เท่ากับเป็นการทำให้อังกฤษตกอยู่ภายใต้การปกครองของผู้เผด็จการทหาร เมื่อพระเจ้าชาลส์ไม่ทรงมีรัฐบาลสนับสนุนพระองค์ก็ไม่ทรงมีทางที่หาทุนพอที่จะต่อต้านรัฐบาลของครอมเวลล์อย่างมีประสิทธิภาพได้ แม้ว่าจะทรงมีความเกี่ยดองกับเจ้าหญิงแมรีแห่งออเรนจ์และพระนางเฮนเรียตตา มาเรีย พระราชมารดาแต่ทั้งเนเธอร์แลนด์และฝรั่งเศสก็หันมาเป็นพันธมิตรกับรัฐบาลของครอมเวลล์ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1654 ซึ่งทำให้ทรงต้องหันไปขอความช่วยเหลือจากสเปนซึ่งขณะนั้นปกครองเนเธอร์แลนด์ตอนใต้อยู่ พระเจ้าชาลส์ทรงพยายามรวบรวมกองทัพอีกแต่ก็ไม่ทรงประสบความสำเร็จเพราะการขาดทุนทรัพย์[13]