ปัญหาใหญ่ทางการเมืองต่อมาของพระเจ้าชาลส์คือปัญหาเรื่องรัชทายาท แอนโทนี แอชลีย์ คูเปอร์ เอิร์ลแห่งชาฟส์บรีเป็นปฏิปักษ์อย่างรุนแรงต่อการมีพระมหากษัตริย์เป็นโรมันคาทอลิก (ก่อนหน้านั้นบารอนแอชลีย์เป็นสมาชิกองคมนตรีคาบาล ที่สลายตัวลงในปี ค.ศ. 1673) อำนาจของบารอนแอชลีย์ก็เริ่มแข็งแกร่งขึ้นเมื่อสภาสามัญชนของปี ค.ศ. 1679 เสนอร่างพระราชบัญญัติการยกเว้นผู้สืบราชบัลลังก์ซึ่งเป็นร่างพระราชบัญญัติที่พยายามป้องกันไม่ให้เจมส์ ดยุกแห่งยอร์กขึ้นครองราชบัลลังก์อังกฤษ บางกลุ่มถึงกับสนับสนุนเจมส์ สกอตต์ ดยุกที่ 1 แห่งมอนมัธ พระราชโอรสองค์โตนอกสมรสของพระเจ้าชาลส์ผู้เป็นโปรเตสแตนต์ กลุ่ม “Abhorrers”—ผู้ที่เห็นว่าร่างพระราชบัญญัติละเว้นเป็นที่น่าเกลียด (abhorrent) —ถูกเรียกว่าทอรี (ตามคำที่ใช้เรียกโจรไอริชโรมันคาทอลิก) ขณะที่ “Petitioners”—ผู้ยื่นคำร้อง (Petitioning campaign) สนับสนุนร่างพระราชบัญญัติ—กลายมาเป็นวิก (ตามคำที่ใช้เรียกผู้ก่อความไม่สงบชาวสกอตแลนด์ที่เป็นเพรสไบทีเรียน)[50]

พระเจ้าชาลส์ทรงหวาดกลัวว่าร่างพระราชบัญญัติการยกเว้นผู้สืบราชบัลลังก์จะได้รับการอนุมัติและเมื่อทรงเห็นว่ามติมหาชนเริ่มเอนเอียงไปทางการต่อต้านโรมันคาทอลิกซึ่งเห็นได้จากการปล่อยตัวของผู้ที่กล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการคบคิดที่จะปลงพระชนม์พระองค์ พระเจ้าชาลส์จึงทรงตัดสินพระทัยยุบรัฐสภาเป็นครั้งที่สองในปีเดียวกันในฤดูร้อนของ ค.ศ. 1679 พระเจ้าชาลส์ทรงหวังว่าสภาใหม่จะไม่รุนแรงเหมือนสภาก่อนแต่เหตุการณ์ก็ไม่เป็นไปตามพระราชประสงค์ ภายในเวลาเพียงสองสามเดือนพระองค์ก็ทรงยุบรัฐสภาอีกครั้งหลังจากที่รัฐสภาพยายามผ่านร่างพระราชบัญญัติละเว้นอีกครั้ง เมื่อรัฐสภาใหม่ประชุมกันที่อ็อกฟอร์ดในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1681 พระเจ้าชาลส์ก็ทรงยุบอีกเป็นครั้งที่สี่หลังจากที่ประชุมกันได้เพียงไม่กี่วัน[51] ระหว่างคริสต์ทศวรรษ 1680 มติมหาชนในการสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติก็ลดน้อยลงและพระเจ้าชาลส์ทรงมีความรู้สึกว่าประชาชนมีความจงรักภักดีต่อพระองค์เพิ่มมากขึ้นเพราะมีความเห็นว่ารัฐสภามีความรุนแรงเกินกว่าเหตุ เอิร์ลแห่งชาฟส์บรีถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฏจนต้องหนีไปเนเธอร์แลนด์และไปเสียชีวิตที่นั่น ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาพระเจ้าชาลส์ก็ทรงปกครองอังกฤษโดยปราศจากรัฐสภา[52]

การคัดค้านร่างพระราชบัญญัติการยกเว้นผู้สืบราชบัลลังก์ของพระเจ้าชาลส์สร้างความไม่พอใจให้แก่ฝ่ายโปรเตสแตนต์บางส่วน ผู้ก่อการโปรเตสแตนต์วางแผน “การคบคิดรายเฮาส์” ซึ่งเป็นแผนการปลงพระชนม์พระเจ้าชาลส์และเจมส์ ดยุกแห่งยอร์ก ขณะที่เสด็จกลับลอนดอนจากการแข่งม้าที่นิวมาร์เกต แต่ทรงรอดพ้นจากการถูกปลงพระชนม์ เนื่องจากเพลิงไหม้ทำลายที่ประทับของสมเด็จพระเจ้าชาลส์ที่นิวมาร์เค็ตทำให้ต้องเสด็จกลับลอนดอนก่อนกำหนด ข่าวแผนการปลงพระชนม์ที่ไม่สำเร็จจึงรั่วไหล[53] นักการเมืองโปรเตสแตนต์เช่น อาร์เธอร์ คาเพลล์ เอิร์ลแห่งเอสเซ็กส์ อาลเกอร์นอน ซิดนีย์, ลอร์ดวิลเลียม รัสเซลล์ และดยุกแห่งมอนมัธถูกจับในข้อหาว่ามีส่วนร่วมในการวางแผน เอิร์ลแห่งเอสเซ็กส์ฆ่าตัวตายขณะที่ถูกจำขังอยู่ที่หอคอยแห่งลอนดอน ซิดนีย์และลอร์ดวิลเลียม รัสเซลล์ถูกประหารชีวิตในข้อหากบฏต่อแผ่นดินโดยมีหลักฐานเพียงเล็กน้อย ส่วนดยุกแห่งมอนม็อธลี้ภัยไปยังราชสำนักของดยุกแห่งออเรนจ์ ลอร์ดแดนบีและขุนนางโรมันคาทอลิกที่ถูกจำขังอยู่ที่หอคอยแห่งลอนดอนถูกปล่อยและดยุกแห่งยอร์กก็มีอำนาจมากขึ้นในราชสำนัก[54] ไททัส โอตส์ถูกตัดสินว่าผิดตามข้อกล่าวหาและจำขังในข้อหาสร้างข่าวลือเท็จ[55]

พระเจ้าชาลส์ประชวรด้วยอาการชักเนื่องจากเส้นโลหิตในสมองแตก เมื่อเช้าวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1685 และเสด็จสวรรคตเมื่อเวลา 11:45 น. หลังจากนั้นที่ประชวรได้สี่วันที่พระราชวังไวต์ฮอลล์ เมื่อพระชนมายุได้ 54 พรรษา อาการประชวรคล้ายคลึงกับอาการของ ยูรีเมีย (uraemia) ซึ่งเป็นอาการที่เกี่ยวกับไตทำงานอย่างไม่ปกติ[56] ขณะที่ประชวร พระเจ้าชาลส์ตรัสกับดยุกแห่งยอร์กว่า “จะต้องมิให้เนล เกล็นผู้น่าสงสารได้รับความลำบากเป็นอันขาด”[57] และกับข้าราชสำนักว่า “ข้าพเจ้าขออภัย ท่านสุภาพบุรุษ ที่เป็นผู้กำลังจะตายในเวลานี้”[58] ค่ำวันสุดท้ายก็ทรงได้รับเข้าสู่โรมันคาทอลิก แต่ก็ไม่ทราบว่ามีพระสติดีพอที่จะทราบถึงเหตุการณ์ดังกล่าวหรือทรงรับรู้เท่าใดหรือผู้ใดเป็นผู้จัดการการกระทำครั้งนี้[59] พระบรมศพถูกฝังไว้ที่แอบบีเวสต์มินสเตอร์ “โดยไม่มีพิธีรีตองอันหรูหรา”[58] เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์[60] ดยุกแห่งยอร์กพระอนุชาขึ้นครองราชย์ต่อมาเป็นพระเจ้าเจมส์ที่ 2 แห่งอังกฤษและไอร์แลนด์ และพระเจ้าเจมส์ที่ 7 แห่งสกอตแลนด์