บริเวณกลุ่มพุทธสถานพุทธคยา อันเป็นอนุสรณ์สถานระลึกถึงการตรัสรู้ของพระพุทธองค์นั้น เริ่มสร้างขึ้นตั้งแต่สมัย พระเจ้าอโศกมหาราช4 และสร้างต่อเติมเรื่อยมาโดยกษัตริย์ชาวพุทธในอินเดีย พระองค์ต่อ ๆ มา จนกระทั่ง เมื่อกองทัพมุสลิมบุกเข้ามาโจมตีอินเดีย พุทธคยาจึงถูกปล่อยให้รกร้างไม่มีผู้คอยเฝ้าดูแล

ภาพเขียนมหาโพธิเจดีย์ โดย ชาร์ลส์ ดอยล์ เมื่อ พ.ศ. 2370 บ่งบอกถึงสภาพของมหาโพธิ์เจดีย์ในสมัยที่ไม่ได้รับการดูแล

สำหรับความเป็นไปของต้นพระศรีมหาโพธิ์ตรัสรู้นั้น ต้นแรกเป็นสหชาติกับพระพุทธเจ้า (เกิดวันเดียวกันกับเจ้าชายสิทธัตถะประสูติ) มีอายุมาได้ 352 ปี จนถึงสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช จึงถูกทำลายโดยพระชายาของพระเจ้าอโศกมหาราช เพราะความอิจฉาที่พระเจ้าอโศกรักและหวงแหนต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นนี้จนไม่สนใจพระนาง ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่สองนั้น ปลูกโดยพระเจ้าอโศกมหาราชจากหน่อพระศรีมหาโพธิ์ต้นเดิม และมีอายุยืนมาประมาณ 871-891 ปี จนถูกทำลายในประมาณปี พ.ศ. 1143-1163 ด้วยน้ำมือของพระราชาฮินดูแห่งเบงกอลพระนามว่า ศศางกา ซึ่งพระองค์อิจฉาพระพุทธศาสนาที่มีความรุ่งเรืองมาก จึงทรงแอบนำกองทัพเข้ามาทำลายต้นโพธิ์ต้นนี้ ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่สามนั้นปลูกโดยพระเจ้าปูรณวรมา กษัตริย์พระองค์สุดท้ายแห่งราชวงศ์เมารยะ และต้นที่สามนี้มีอายุยืนมากว่า 1,258-1,278 ปี จึงล้มลงในสมัยที่อินเดียเป็นอาณานิคมของอังกฤษ และต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่สี่ ที่ยังคงยืนต้นมาจนปัจจุบัน ปลูกโดยนายพลเซอร์ อเล็กซานเดอร์ คันนิ่งแฮม เมื่อ พ.ศ. 2423

สำหรับความเป็นไปขององค์พระมหาโพธิเจดีย์นั้น พระเจ้าหุวิชกะ (อังกฤษ: Huvishka) มีพระราชศรัทธาสร้างมหาเจดีย์ถวายเป็นพุทธบูชา ในปี พ.ศ. 694 เพื่อเป็นสถานที่สักการะสำหรับพุทธบริษัท โดยได้สร้างเป็นพระเจดีย์รูปทรงสี่เหลี่ยมทรงรีสวยงามติดกับพระแท่นวัชรอาสน์ทางทิศตะวันออก มี 2 ชั้น โดยชั้นล่างเป็นสถานที่กราบนมัสการและชั้นบนเป็นห้องเจริญภาวนา ลักษณะของพระมหาโพธิเจดีย์มีเอกลักษณ์เฉพาะและตั้งตระหง่านเป็นสัญลักษณ์ของมหาโพธิมณฑลมากว่าสองพันปี ในบางช่วงพระราชาแห่งแคว้นต่าง ๆ ได้เข้ามาทำนุบำรุงอยู่เสมอ และได้รับการบูชารักษาจากชาวพุทธมาตลอด แต่มาขาดตอนไปเมื่อช่วงพันกว่าปีที่ผ่านมา เนื่องจากแผ่นดินอินเดียแถบนี้ถูกคุกคามจากสงครามและการเสื่อมถอยของพระพุทธศาสนา พุทธคยาจึงถูกปล่อยทิ้งร้างและถูกชาวฮินดูเข้าครอบครอง รวมทั้ง แปลงมหาโพธิเจดีย์เป็นเทวสถาน[2]

โดยเหตุการณ์ที่พุทธคยาถูกชาวฮินดูครอบครองนั้น เริ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2133 จากการที่นักบวชฮินดูชื่อ โคเสนฆมัณฑิคีร์ ได้เดินทางมาถึงพุทธคยาและได้ตั้งสำนักเล็ก ๆ ใกล้กับพระมหาโพธิเจดีย์ เมื่ออยู่ไปนาน ๆ จึงกลายเป็นเจ้าของที่ไปโดยปริยาย (มีผู้กล่าวว่า พราหมณ์มหันต์นี้ คือ นักธุรกิจการค้าที่มาในรูปนักบวชฮินดู กล่าวกันว่าติดอันดับมหาเศรษฐี 1 ใน 5 ของรัฐพิหาร ผู้นำของมหันต์องค์ที่ 15 ในปัจจุบันก็มีการสืบทอดมาตั้งแต่โคเสณฆมัณฑิคีร์) ซึ่งการที่พราหมณ์มหันต์เข้ามาครอบครองพุทธคยานั้นก็ไม่ได้ดูแลพุทธคยาแต่อย่างไร

สภาพอันเสื่อมโทรมของพุทธคยานั้น อาจพิจารณาได้จากบทความของท่านเซอร์ เอดวินด์ อาโนลด์ (Sir Edwin Arnold) ผู้เรียบเรียงหนังสือพุทธประวัติภาษาอังกฤษที่มีชื่อเสียงโด่งดัง และกล่าวกันว่า เป็นพุทธประวัติฉบับภาษาอังกฤษ ที่มีความไพเราะ และน่าเลื่อมใสมาก คือ ประทีบแห่งเอเชีย (The Light of Asia) ซึ่งท่านเซอร์ ได้เดินทางไปที่พุทธคยา และได้พบกับความน่าเศร้าสลดใจหลายประการ ท่านได้เขียนบทความไว้ตอนหนึ่งว่า (แปลจากภาษาอังกฤษ)

เซอร์ เอดวิน อาโนลด์ ผู้แต่งหนังสือ "ประทีปแห่งเอเชีย"

ตะวันตกและวันออก โอกาสแจ่มจรัส โอกาสแห่งความรุ่งโรจน์

( EAST and West ; A Splendid Opportunity)

เขียนโดย ท่านเซอร์ เอ็ดวิน อาร์โนลด์

ในความเป็นจริง ไม่มีข้อกังขาสงสัยใดๆ ในความเป็นจริง ของสถานที่ สังเวชนียสถาน 4 ตำบลของชาวพุทธ คือ กบิลพัสดุ์ (ปัจจุบัน Bhuila) ซึ่ง เจ้าชายสิทธัตถะประสูติ, ป่าอิสิปตนะ ภายนอกเมืองพาราณสี ซึ่งพระพุทธองค์ได้แสดงธรรมเทศนา กุสินารา ที่พระองค์ได้ปรินิพพาน และสถานที่ตรัสรู้ซึ่งมี ต้นโพธิ์เป็นเครื่องหมาย ในวันเพ็ญเดือน 6 เมื่อ 2383 ปี มาแล้ว พระองค์ได้บำเพ็ญเพียรทางจิตและมีศรัทธาเป็นอย่างมาก ซึ่งพระองค์ได้นำ ความเจริญทางอาารยธรรม มาสู่เอเชีย บรรดาสังเวชนียสถาน 4 ตำบล ต้นพระศรีมหาโพธิ์ที่พุทธคยา คือสิ่งที่มีค่าและศักดิ์สิทธิ์ของชาวพุทธทั่วทั้งเอเชีย ทำไมหรือ เพราะว่า ปัจจุบันตกอยู่ในมือของนักบวชพราหมณ์ ผู้ไม่ได้ดูแลวัดเลย นอกจากว่าจะถือเอาเป็นกรรมสิทธิ์เท่านั้น และพวกเขา ได้ตักตวงเอาผลประโยชน์ เป็นอย่างมาก

ความจริงในเรื่องนี้ ตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 13 กล่าวคือ 1400 ปีมาแล้ว สถานที่แห่งนี้เป็นสถานที่พิเศษสุดและชาวพุทธรักษาไว้ แต่ได้ทรุดโทรมลงและถูกปล่อยปละละเลย เหมือนกับวัดพุทธศาสนาแห่งอื่น ๆ จากการอันตรธานสูญหายของพุทธศาสนาจากอินเดีย 300 ปีต่อมา นักบวชศาสนาพราหมณ์ที่ นับถือพระศิวะมาถึงที่นี้ และตั้งหลักปักฐาน ณ ที่ตรงนี้ ได้เริ่มครอบครองสิ่งที่อยู่รอบ ๆ ซึ่งได้เห็นและก่อตั้งโรงเรียนสอนศาสนาขึ้นมา พวกเขามีกำลังมากจึงเข้ายึดครองเป็นเจ้าของวัดพุทธคยา ซึ่งรัฐบาลเบงกอลได้เข้ามาบูรณะ และพื้นที่รอบพุทธคยา ในปี พ.ศ. 2423 (ค.ศ. 1880) และได้ขอส่วนหนึ่งของรั้วเสาหินสมัยพระเจ้าอโศก จากพวกมหันต์ ซึ่งพวกเขาได้นำไปสร้างบ้าน เพื่อนำกลับมาตั้งไว้ ณ ที่เดิม แต่พวกมหันต์ไม่ได้คืนมา และท่านเซอร์ อาชเลย์ เอเดน (Sir Ashley Eden) ก็ไม่สามารถผลักดันการบูรณะให้แล้วเสร็จได้

พระมหาโพธิเจดีย์ก่อนบูรณะ ถ่ายเมื่อ พ.ศ. 2417 ในคราวที่พระเจ้ามินดง กษัตริย์แห่งพม่า พระราชทานพระราชทรัพย์เพื่อบูรณะพระมหาเจดีย์ หลังถูกทิ้งร้างไปกว่าพันปี

ชาวพุทธทั่วโลกได้ลืมคืนที่ดี และสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ และเป็นศูนย์กลางที่ยิ่งใหญ่ของศรัทธา ดังเช่นนครเมกกะ และเยรูซาเลม (Mecca and Jeruzaiem) เป็นศูนย์กลางศรัทธาของผู้ศรัทธานับล้านคน-เมื่อข้าพเจ้าได้พักที่โรงแรมที่พุทธคยาปีสองปีที่ผ่านมา ข้าพเจ้ารู้สึกเศร้าใจที่เห็นเครื่องบูชา สาร์ท (Shraddh) ของพวกฮินดูในสถานที่ศักดิ์สิทธิ์เช่นนี้ และวัตถุโบราณที่มีค่าจำนวนมากหลายพันชิ้น ซึ่งจารึกด้วยภาษาสันสกฤตได้ถูกทิ้งจมอยู่ในดิน ข้าพเจ้าได้ถามนักบวชฮินดูว่า

“ข้าพเจ้าจะขอใบโพธิ์จากต้นพระศรีมหาโพธิ์ที่ศักดิ์สิทธิ์ได้หรือไม่”

“เจ้านาย จงหักเอาเท่าที่คุณชอบ มันไม่มีค่าอะไรสำหรับเรา” นี้เป็นคำตอบจากพวกเขา

ไม่มีความละอายจากอาการที่พวกเขาไม่สนใจใยดี ข้าพเจ้าเก็บใบโพธิ์ 3-4 ใบอย่างเงียบ ๆ ซึ่งพวกมหันต์ได้หักมาจากกิ่งบนหัวของพวกเขา และข้าพเจ้าได้นำใบโพธิ์ไปยังศรีลังกา เมื่อได้คัดลอกจารึกที่เป็นภาษาสันสกฤต ที่นั้น (ศรีลังกา) ข้าพเจ้าได้พบว่า ใบโพธิ์เป็นสิ่งมีค่าสำหรับชาวพุทธที่ศรีลังกา ซึ่งต้อนรับด้วยความกระตือรือร้นและศรัทธา ใบโพธิ์ที่ข้าพเจ้าถวาย ได้ถูกนำไปที่เมืองแคนดี้ และได้ใส่ไว้ในผอบที่มีค่าและได้รับการบูชาทุก ๆ วัน”[3]

ในปี พ.ศ. 2417 พระเจ้ามินดง กษัตริย์แห่งพม่า ได้ส่งคณะทูตมายังอินเดียเพื่อขอบูรณปฏิสังขรณ์พระวิหารและจัดการบางประการเพื่อดูแลรักษาพุทธสถานแห่งนี้ เมื่อได้รับความยินยอมจากพวกมหันต์และรัฐบาลอินเดีย จึงได้เริ่มทำการบูรณะ ทางรัฐบาลอินเดียได้ส่งนายพล เซอร์ อเล็กซานเดอร์ คันนิ่งแฮม กับ ด.ร.ราเชนทรลาละ มิตระ เข้าเป็นผู้ดูแลกำกับการบูรณะ หลังจากนั้นคณะผู้แทนจากพม่าจำเป็นต้องเดินทางกลับ ทางรัฐบาลอินเดียจึงรับงานบูรณะ ทั้งหมดมาทำแทน และเสร็จสมบูรณ์ ในปี พ.ศ. 2427

จนในปี พ.ศ. 2500 รัฐบาลอินเดีย โดยการนำของ ฯพณฯ เยาวหรลาล เนรูห์ นายกรัฐมนตรีแห่งอินเดีย ได้เฉลิมฉลองพุทธชยันตี (วิสาขบูชา) โดยเชิญชวนประเทศที่นับถือพระพุทธศาสนาทั่วโลก มาสร้างวัดไว้ในดินแดนต้นพุทธอุบัติภูมิ ซึ่งประเทศไทยโดยการนำของจอมพล แปลก พิบูลสงคราม ได้ตอบรับและดำเนินการสร้างวัดเป็นชาติแรก ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2500 และประเทศชาวพุทธอื่น ๆ (เช่น ญี่ปุ่น พม่า เกาหลี จีน ศรีลังกา ธิเบต ฯลฯ) ได้ดำเนินการสร้างวัดต่อมาตามลำดับ และรัฐบาลอินเดียได้มีส่วนสำคัญในการบูรณะพุทธคยาอย่างต่อเนื่องจนมีสภาพดังที่เห็นในปัจจุบัน