พืชดัดแปรพันธุกรรมจะเกิดขึ้นในห้องปฏิบัติการโดยการเปลี่ยนลักษณะทางพันธุกรรมของพวกมันและจะมีการทดสอบในห้องปฏิบัติการเพื่อให้ได้คุณภาพตามที่ต้องการ ขบวนการนี้มักจะทำโดยการเพิ่มยีนหนึ่งตัวหรือมากกว่าในจีโนมของพืชโดยใช้เทคนิคทางพันธุวิศวกรรม ส่วนใหญ่พืชดัดแปรพันธุกรรมสามารถดัดแปรได้โดยการเพิ่มยีน (การโคลน) หรือการตัดยีน (ยีนจะลบออกหรือปิดการทำงาน) ตอนนี้พืชก็จะได้รับการออกแบบให้มีความต้านทานแมลง ต้านทานต่อเชื้อรา ต้านทานต่อไวรัส ต้านทานต่อสารกำจัดวัชพืช มีการเปลี่ยนแปลงเนื้อหาทางโภชนาการ มีรสชาติที่ดีขึ้นและมีการเก็บรักษาที่ดีขึ้น

เมื่อผลิตพืชจนมีลักษณะเป็นที่น่าพอใจแล้ว เมล็ดพันธุ์จะถูกเก็บรวบรวม และบริษัทผู้ผลิตเมล็ดพันธุ์จำเป็นต้องยื่นขอรับการอนุมัติตามกฎระเบียบเพื่อขอทดสอบเมล็ดภาคสนาม หากการทดสอบประสบความสำเร็จ บริษัทจะต้องขอความเห็นชอบตามกฎระเบียบเพื่อการวางตลาด (ดูกฎระเบียบของการเปิดตัวของสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม) เมื่อได้รับการอนุมัติ เมล็ดพันธุ์จะถูกผลิตครั้งละมาก ๆ และขายให้กับเกษตรกร เกษตรกรจะผลิตพืชดัดแปรพันธุกรรมซึ่งมียีนและผลิตภัณฑ์โปรตีนของมันแทรกอยู่ จากนั้นเกษตรกรจะขายพืชผลของพวกเขาเป็นสินค้าโภคภัณฑ์ในตลาดแหล่งอาหารในประเทศที่การขายดังกล่าวได้รับอนุญาตแล้ว