บทความหลัก: การตรวจจับสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรม

การทดสอบสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมในอาหารและอาหารสัตว์จะทำเป็นประจำโดยใช้เทคนิคโมเลกุลเช่นดีเอ็นเอ microarrays หรือ quantitative PCR การทดสอบเหล่านี้จะขึ้นอยู่กับการตรวจคัดกรององค์ประกอบทางพันธุกรรม (เช่น p35S, tNos, pat หรือ bar) หรือเครื่องหมายที่เป็นเหตุการณ์เฉพาะสำหรับ GMO อย่างเป็นทางการ (เช่น Mon810, Bt11 หรือ GT73)

วิธีการแบบอาร์เรย์จะรวม multiplex PCR และเทคโนโลยีอาร์เรย์เพื่อคัดกรองตัวอย่างสำหรับ GMO ที่มีศักยภาพแตกต่างกัน[107] เป็นการรวมวิธีการที่แตกต่างกัน (ได้แก่การตรวจคัดกรององค์ประกอบ เครื่องหมายพืชเฉพาะ และเครื่องหมายเหตุการณ์เฉพาะ)

qPCR ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นของจีเอ็มโอที่เฉพาะเจาะจงโดยการใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับการคัดกรององค์ประกอบหรือเครื่องหมายเหตุการณ์ที่เฉพาะเจาะจง การควบคุมมีความจำเป็นเพื่อหลีกเลี่ยงผลลัพธ์ปลอมหรือเป็นเท็จ ยกตัวอย่างเช่นการทดสอบ CaMV ถูกนำมาใช้เพื่อหลีกเลี่ยงผลลัพธ์เท็จในกรณีที่มีการปนเปื้อนเชื้อไวรัสบนตัวอย่าง

ในเอกสารเดือนมกราคม 2010[108] การสกัดและการตรวจสอบดีเอ็นเอไปตามห่วงโซ่การผลิตน้ำมันถั่วเหลืองอุตสาหกรรมที่สมบูรณ์ได้รับการอธิบายในการตรวจสอบการปรากฏตัวของถั่วเหลือง Roundup Ready (RR) "การขยายของยีนเลคตินถั่วเหลืองโดยปฏิกิริยา Polymerase chain แบจุดสิ้นสุด (อังกฤษ: end-point polymerase chain reaction (PCR)) ก็ประสบความสำเร็จในทุกขั้นตอนของกระบวนการสกัดและการกลั่นจนกระทั่งได้น้ำมันถั่วเหลืองกลั่นอย่างเต็มที่ การขยายของถั่วเหลือง RR โดยการตรวจ PCR โดยใช้ไพรเมอร์แบบเฉพาะเหตุการณ์ก็ประสบความสำเร็จสำหรับทุกขั้นตอนการสกัดและการกลั่น ยกเว้นขั้นตอนช่วงกลางของการกลั่น (การทำให้เป็นกลาง การซักล้างและการฟอก) อาจจะเป็นเพราะความไม่แน่นอนของตัวอย่าง การตรวจ PCR แบบเรียลไทม์โดยใช้หัววัดที่เฉพาะได้ยืนยันผลลัพธ์ทั้งหมดและได้พิสูจน์ให้เห็นว่ามันเป็นไปได้ที่จะตรวจสอบและหาปริมาณสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมในน้ำมันถั่วเหลืองที่ผ่านการกลั่นอย่างเต็มที่ ตามความรู้ของเรา สิ่งนี้ไม่เคยมีการรายงานมาก่อนและมันเป็นตัวแทนของความสำเร็จที่สำคัญเกี่ยวกับการตรวจสอบย้อนกลับของสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมในน้ำมันที่ผ่านการกลั่น"