การถกเถียงกันเรื่องอาหารดัดแปลงพันธุกรรมเป็นข้อพิพาทในเรื่องการใช้เป็นอาหารและสินค้าอื่น ๆ ที่ผลิตมาจากพืชดัดแปลงพันธุกรรมแทนที่จะทำมาจากพืชทั่วไป และเรื่องการใช้พันธุวิศวกรรมอื่น ๆ ในการผลิตอาหาร ข้อพิพาทจะเกี่ยวข้องกับผู้บริโภค เกษตรกร บริษัทเทคโนโลยีชีวภาพทั้งหลาย หน่วยงานของรัฐในการกำกับดูแล องค์กรพัฒนาเอกชน และนักวิทยาศาสตร์ พื้นที่สำคัญของการถกเถียงที่เกี่ยวข้องกับอาหารจีเอ็มโอก็คือเรื่อง 1. อาหารจีเอ็มควรจะระบุในฉลากหรือไม่ 2. บทบาทของการกำกับดูแลของรัฐบาล 3. วัตถุประสงค์ของการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการตีพิมพ์ 4. ผลกระทบของพืชจีเอ็มที่มีต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม 5. ผลต่อความต้านทานสารกำจัดศัตรูพืช 6. ผลกระทบของพืชจีเอ็มที่มีต่อเกษตรกร และ 7. บทบาทของพืชจีเอ็มในการเป็นอาหารของประชากรโลก

มีฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ในวงกว้างว่าอาหารในตลาดที่ได้มาจากพืชจีเอ็มโอไม่ได้ส่อว่ามีความเสี่ยงมากกว่าอาหารธรรมดา[4][91][92] ไม่มีรายงานของผลร้ายที่มีการบันทึกไว้ในประชากรมนุษย์อันเนื่องจากอาหารจีเอ็ม[5][7][93] จุดเริ่มต้นสำหรับการประเมินความปลอดภัยของอาหารจีเอ็มคือการประเมิน'ความเท่าเทียมกันอย่างมีนัยสำคัญ' (อังกฤษ: substantial equivalence) เทียบกับอาหารที่ไม่มีการดัดแแปลง จากนั้นการทดสอบจะต้องมีการทำเพิ่มเติมบนพื้นฐานในแต่ละกรณีเพื่อให้แน่ใจว่าความกังวลเกี่ยวกับศักยภาพในความเป็นพิษและภูมิแพ้ได้ถูกแก้ไขก่อนที่อาหารจีเอ็มจะออกสู่ตลาด แม้ว่าการติดฉลากของผลิตภัณฑ์ที่ประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรม (จีเอ็มโอ) ในตลาดเป็นข้อกำหนดใน 64 ประเทศก็ตาม[94] ในสหรัฐอเมริกาไม่มีข้อกำหนดเป็นการทั่วไปที่อาหารจีเอ็มโอต้องมีการติดป้ายดังกล่าว นโยบายขององค์การอาหารและยาของสหรัฐก็คือฉลากจำเป็นต้องใช้เฉพาะถ้ามีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในองค์ประกอบหรือความแตกต่างที่มีสาระสำคัญต่อสุขภาพ แต่ที่ผ่านมาก็ยังไม่พบความแตกต่างดังกล่าวในอาหารจีเอ็มโอใด ๆ ที่ได้รับการอนุมัติให้ขายในตลาด[95]

ฝ่ายตรงข้ามของอาหารดัดแปลงพันธุกรรมเช่นกลุ่มผู้สนับสนุนสมาคมผู้บริโภคสารอินทรีย์ สหภาพนักวิทยาศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง และกรีนพีซ การเรียกร้องความเสี่ยงยังไม่ได้รับการระบุและมีการจัดการอย่างเพียงพอ และพวกเขาได้ถามถึงวัตถุประสงค์ของหน่วยงานกำกับดูแล บางกลุ่มที่เกี่ยวกับสุขภาพกล่าวว่ามีคำถามที่ยังไม่มีคำตอบเกี่ยวกับผลกระทบในระยะยาวที่อาจเกิดขึ้นต่อสุขภาพของมนุษย์จากอาหารที่ได้มาจากการตัดแต่งพันธุกรรมและเสนอให้มีการบังคับติดฉลาก[96][97] หรือการประกาศพักชำระหนี้ที่เกี่ยวกับผลิตภัณฑ์ดังกล่าว[98][99][100] รวมถึงความกังวลเกี่ยวกับการปนเปื้อนของอุปทานของอาหารที่ไม่ได้ดัดแปลงพันธุกรรม[101] ผลกระทบจากการตัดแต่งพันธุกรรมที่มีต่อสภาพแวดล้อมและธรรมชาติ[98][100] ความจริงจังของกระบวนการกำกับดูแล[99][102] และการรวมเป็นหนึ่งเดียวของการควบคุมอุปทานอาหารในบริษัทที่ทำและขาย GMOs[98]