แหล่งโปรตีนที่สำคัญคือปลาและสัตว์ปีก เนื้อสัตว์ที่พบทั่วไปได้แก่เนื้อวัวหรือเนื้อควาย เนื้อแพะ เนื้อแกะ

สัตว์ปีก

สัตว์ปีกที่นิยมรับประทานโดยทั่วไปคือไก่และเป็ด นกมีการรับประทานเป็นส่วนน้อย ไก่ทอดและไก่ย่างพบได้ทั่วไปในอินโดนีเซีย ไก่นำมาทำซุปหรือต้มกับกะทิ สะเต๊ะไก่พบได้ทั่วไปในอินโดนีเซีย อาหารจากไก่ที่เป็นที่นิยมคือ อายัมโกเร็งกาลาซันจากยกยาการ์ตา, อายัมบาการ์ปาดังจากปาดัง, อายัมตาลีวังจากลมบก, อายัมเบอตูตูจากบาหลี เป็นต้น

เนื้อสัตว์

เนื้อวัวและเนื้อแพะพบได้ทั่วไปโดยเนื้อควายและเนื้อแกะมีผู้บริโภคน้อยกว่า ในอินโดนีเซียมุสลิมไม่บริโภคเนื้อหมู แต่ในพื้นที่ที่ไม่มีมุสลิม หมูถือเป็นอาหารสำคัญ เช่นในบาหลี สุมาตราเหนือ ซูลาเวซีเหนือ นูซาเติงการาตะวันออก โมลุกกะ ปาปัว ปาปัวตะวันตก ย่านชาวจีน

เนื้อสัตว์นำมาปรุงกับเครื่องเทศจำนวนมากและกะทิ เช่น เรินดังเนื้อวัว เนื้อแพะ เนื้อแกะ หรือสะเต๊ะจากเนื้อไก่หรือเนื้อแกะย่างแล้วปรุงรส หรือนำมาปรุงเป็นโซโต มีหมูอบเป็นอาหารยอดนิยมของชาวบาตัก ในสุมาตราเหนือมีบาบีปังกังเป็นหมูอบเช่นกัน หมูป่าเป็นที่นิยมในปาปัว กระต่ายอบเป็นที่นิยมในแถบภูเขา

ปลา

อาหารทะเลมีมากและเป็นที่นิยมบริโภคในอินโดนีเซีย โดยเฉพาะตามแนวชายฝั่ง ปลาเป็นที่นิยมมากทางอินโดนีเซียตะวันออก เช่นที่ซูลาเวซี โมลุกกะ[8] อาหารทะเลนำมาปรุงโดยการย่าง ต้มหรือทอด อีกันบาการ์เป็นปลาย่างชนิดหนึ่งที่เป็นที่นิยมไปทั่วอินโดนีเซีย อีกันอาซินหรือปลาเค็มเป็นการถนอมอาหารประเภทปลาโดยใช้เกลือ การจบปลาน้ำจืดพบได้ในบริเวณที่อยู่ในแผ่นดิน เป็นที่นิยมของชาวชวาและซุนดา