ไลนิโซลิดออกฤทธิ์เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์มอนอเอมีนออกซิเดส (monoamine oxidase inhibitor; MAOI) อย่างอ่อนๆ ดังนั้นจึงไม่ควรใช้ยานี้ร่วมกับยาในกลุ่ม MAOIs ชนิดอื่นๆ รวมไปถึงอาหารที่มีปริมาณของไทรามีน (en) สูง (เช่น เนื้อหมู, เนยแข็งที่มีอายุมาก, เครื่องดื่มแอลกอฮอล์, อาหารดองหรือรมควัน), ยาที่มีผลเพิ่มระดับเซโรโทนิน เนื่องจากการเก็บข้อมูลการรักษา ความปลอดภัยและประสิทธิผลของยาหลังออกสู่ตลาด (postmarketing surveillance) ของไลนิโซลิด พบการเกิดกลุ่มอาการเซโรโทนิน เมื่อมีใช้ยาร่วมกับยาอื่นยาที่มีผลเพิ่มระดับเซโรโทนิน หรือใช้ยาไลนิโซลิดทันทีหลังจากหยุดยากลุ่มดังกล่าว โดยเฉพาะอย่างยิ่งยากลุ่มที่ทำหน้าที่ยับยั้งการเก็บกลับเซโรโทนิน เช่น พาร็อกซีทีน (en) และเซอร์ทราลีน (en)[67][89][90][91] นอกจากนี้ ไลนิโซลิดยังมีเสริมผลของการเพิ่มระดับความดันโลหิตของยาที่ออกฤทธิ์กระตุ้นระบบประสาทซิมพาเทติก (en) เช่น ซูโดอีเฟดรีน หรือเฟนิลโพรพาโนลามีน (en)[48][92] นอกจากนี้ ยาระงับอาการปวดอย่างเพทิดีน ก็เป็นยาอีกชนิดหนึ่งที่ไม่ควรใช้ร่วมกันกับไลนิโซลิดไม่ว่าในกรณีใดๆก็ตาม เนื่องจากความเสี่ยงที่อาจทำให้เกิดกลุ่มอาการเซโรโทนิน

ไลนิโซลิดไม่มีผลยับยั้งหรือเหนี่ยวนำการทำงานของระบบเอนไซม์ไซโทโครม P450 (CYP 450; en) ซึ่งเป็นระบบเอนไซม์ของร่างกายที่ทำหน้าที่ในการขับยาออกจากร่างกาย ดังนั้นไลนิโซลิดจึงไม่เกิดอันตรกิริยาระหว่างยากับยาอื่นที่ต้องมีการเมแทบอลิซึมโดยระบบเอนไซม์นี้[3]