ณ ค่า pH ปกติภายในเซลล์ ไลนิโซลิดจะอยู่สภาพที่ไม่มีประจุ ละลายน้ำได้ดีปานกลาง (ประมาณ 3 มิลลิกรัม/มิลลิลิตร) และมีสัมประสิทธิ์การกระจายตัว (logP) ประมาณ 0.55.[17]

สารประกอบฟาร์มาโคฟอร์ออกซาโซลิไดโอนถือเป็นโครงสร้างหลักที่มีความจำเป็นต่อการออกฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียของไลนิโซลิด โดยโครงสร้างของไลนิโซลิดนั้นจะประกอบไปด้วยส่วนของโมเลกุล 1,3-oxazolidin-2-one ที่ม่หมู่แอริล (aryl) ที่ตำแหน่งที่ 3 โดยมีหมู่ S-เมธิลแทนที่อะตอมคาร์บอนในตำแหน่งดังกล่าว ในตำแหน่งที่ 5 จะมีหมู่ฟังก์ชันอื่นมาเกาะอยู่ (R-enantiomer ของยากลุ่มออกซาโซลิไดโอนทั้งหมดนั้นไม่มีคุณสมบัติในการต้านเชื้อแบคทีเรีย)[100] ทั้งนี้ จากโครงสร้างดังข้างต้น เนื่องจากไลนิโซลิดนั้นมีหมู่ฟังก์ชันหลายชนิดที่ถูกออกแบบมาเพื่อช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความปลอดภัยในการใช้ยา โดยหมู่อะเซตาไมด์ (en) ตรงตำแหน่งหมู่ 5-methyl เป็นตำแหน่งที่ดีที่สุดที่ช่วยในการเพิ่มประสิทธิภาพในการต้านเชื้อแบคทีเรียของยานี้ และยังคงถูกใช้ในการพัฒนายากลุ่มออกซาโซลิไดโอนชนิดอื่นๆต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน การเปลี่ยนแปลงตำแหน่งหมู่อะเซตาไมด์ออกไปจากตำแหน่งนี้จะทำให้ยาสูญเสียความสามารถในการต้านเชื้อแบคทีเรียลง แต่ก็ยังสามารถออกฤทธิ์ได้เล็กน้อยถึงปานกลางเนื่องจากยังมีคุณสมบัติเป็น Bioisosteres ส่วนอะตอมฟลูออรีน ณ ตำแหน่งที่ 3′ สามารถเพิ่มประสิทธิภาพในการต้านเชื้อแบคทีเรียของยาได้เป็น 2 เท่าทั้งการทดลองในมนุษย์ (in vivo) และนอกร่างกายมนุษย์ (in vitro) นอกจากนี้ ตัวให้อิเล็กตรอน (en) อย่างอะตอมไนโตรเจนในวงมอร์โฟลีนจะช่วยคงสภาพความแรง (potency) ของตัวยา รวมไปถึงความปลอดภัยจากการใช้ยานี้ด้วย[29][100]

ทั้งนี้ พบว่ายาต้านการแข็งตัวของเลือดอย่าง ไรวาร็อกซาแบน (Rivaroxaban; ชื่อการค้าคือ Xarelto) นั้นมีโครงสร้างที่คล้ายคลึงกันกับไลนิโซลิดจนน่าแปลกใจ โดยยาทั้งสองชนิดมีโครงสร้างส่วนสารประกอบฟาร์มาโคฟอร์ออกซาโซลิไดโอนที่เหมือนกัน โดยบนโครงสร้างมีความแตกต่างกันเพียง 3 ตำแหน่ง คือ ไรวาร็อกซาแบนจะมีหมู่คีโตนและหมู่คลอโรไธโอฟีน (chlorothiophene) เพิ่มเข้ามา และไม่มีอะตอมของฟลูออรีนที่ตำแหน่ง 3′ อย่างไรก็ตาม ความคล้ายคลึงกันทางโครงสร้างของยาทั้งสองชนิดนี้ไม่มีผลจนมีนัยสำคัญทางคลินิกแต่อย่างใด[101]

การสังเคราะห์

ในปัจจุบัน ไลเนโวลิดนั้นจะมาจากการสังเคราะห์ทั้งหมด เนื่องจากไม่สามารถพบสารประกอบนี้ได้ในธรรมชาติ (ซึ่งต่างจากยาปฏิชีวนะชนิดอื่นๆ) และไม่ได้ถูกพัฒนามาจากโครงสร้างของสารประกอบฟาร์มาโคฟอร์ที่ได้มาจากธรรมชาติ (ซึ่งมักพบในการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะกลุ่มเบตาแลคแตม ซึ่งเป็นยากึ่งสังเคราะห์) โดยการสังเคราะห์ออกซาโซลิไดโอนนั้นสามารถทำได้หลากหลายวิธี และช่องทองการสังเคราะห์ไลนิโซลิดนั้นก็มีความหลากหลายมากเช่นเดียวกัน[100][102] ถึงแม้การผลิตไลนิโซลิดออกจำหน่ายในตลาดจะได้รับผลตอบแทนค่อนข้างสูง แต่กระบวนการผลิตแบบดั้งเดิม (ซึ่งถูกพัฒนาขึ้นโดยบริษัทอัพจอห์น (Upjohn) เพื่อทดลองผลิตไลนิโซลิดและอีพีเรโซลิด (eperezolid) ผลิตก่อนที่จะผลิตเพื่อจำหน่ายในท้องตลาด) นั้นต้องใช้ระยะเวลาผลิตที่ยาวนาน และสารเคมีตั้งต้นนั้นมีราคาแพง เช่น แพลเลเดียมบนถ่านกัมมันต์ (en), ตัวทำปฏิกิริยาความไวสูงมีเธนซัลโฟนิลคลอไรด์ (en) และ n-butyllithium และการสังเคราะห์จำเป็นต้องทำในสภาพที่มีอุณหภูมิต่ำ[100][102][103] ก้วยเหตุที่กระบวนการสังเคราะห์ไลนิโซลิดนั้นมีต้นทุนที่สูงทำให้ราคายาตามท้องตลาดนั้นอยู่ในระดับที่สูงมากเช่นกัน[103] อย่างไรก็ตาม บริษัทอัพจอห์นสามารถคิดค้นกระบวนการผลิตที่ใช้ระยะเวลาและต้นทุนน้อยลงกว่าวิธีดั้งเดิมสำเร็จ ซึ่งเหมาะสำหรับการผลิตในระดับอุตสาหกรรม และทางบริษัทได้ยื่นขอจดสิทธิบัตรกระบวนการการผลิตดังกล่าวในปี ค.ศ. 1998[29][104]

การสังเคราะห์ไลนิโซลิดในช่วงหลัง ได้แก่ วิธี atom economy ซึ่งใช้ D-mannitol เป็นสารแรกเริ่ม ถูกคิดค้นและพัฒนาขึ้นในปี ค.ศ. 1999 โดยบริษัทยาสัญชาติอินเดีย ชื่อ Dr. Reddy's Laboratories[105] และการผลิตจากสารตั้งต้น (S) -glyceraldehyde acetonide (เตรียมได้จากไวตามินซี) ที่ถูกพัฒนาขึ้นโดยทีมนักวิจัยจากมหาวิทยาลัยหูหนาน, นครฉางชา, มณฑลหูหนาน, ประเทศจีน.[102] ในวันที่ 25 มิถุนายน ค.ศ. 2008 ระหว่างการประชุมวิชาการเคมีและวิศวกรรมสีเขียวประจำปี ครั้งที่ 12 (12th Annual Green Chemistry and Engineering Conference) ในนครนิวยอร์ก ไฟเซอร์ได้รายงานว่าทางบริษัทสามารถพัฒนาการสังเคราะห์ไลนิโซลิด รุ่นที่สอง ของบริษัทได้สำเร็จ โดยใช้วิธีการสังเคราะห์แบบการสังเคราะห์โดยเริ่มจากภายนอกสู่ภายใน (convergent synthesis) และเป็นการสังเคราะห์แบบเคมีสีเขียว (green chemistry) โดยมีสารตั้งต้นคือ (S) -epichlorohydrin ซึ่งให้ผลผลิตสูงถึงร้อยละ 56 อีกทั้งยังมีของเสียจากกระบวนการผลิตลดน้อยลงจากวิธีเดิม[106]