มหาวิทยาลัยมหิดล ได้เป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐสมบูรณ์อย่างเป็นทางการ เมื่อพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. 2550 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 124 ตอนที่ 68 ก เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2550 โดยนายกรัฐมนตรี พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ ผู้รับสนองพระบรมราชโองการ จากนี้สถานภาพของพนักงานมหาวิทยาลัยจะได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการ และข้าราชการมีสิทธิที่จะขอเปลี่ยนสภาพเป็นพนักงานได้ ภายในระยะเวลา 90 วัน และจะไม่มีข้าราชการเพิ่มขึ้นอีกตามมาตรา 78 ของพระราชบัญญัติ[98]