เมื่อระบบของเขมรแดงถูกกำจัดออกไปจากประเทศในเดือนมกราคม พ.ศ. 2522 ได้มีการร่างรัฐธรรมนูญของสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาซึ่งได้ประกาศใช้ใน พ.ศ. 2524 รัฐธรรมนูญกำหนดว่ากัมพูชาเป็นประเทศเอกราช มีสันติภาพ อำนาจอธิปไตยเป็นของปวงชน มีเวียดนามเป็นที่ปรึกษาในการบริหาร ใน พ.ศ. 2529 มีที่ปรึกษาชาวเวียดนามสำหรับคณะรัฐมนตรีทุกคนในรัฐบาล คาดว่ามีการต่อต้านและเกิดการฆาตกรรมประชาชนทั้งโดยทหารของเวียดนามและทหารของฝ่ายรัฐบาลราวแสนคน กลยุทธของรัฐบาลในการต่อต้านเขมรแดงคือพยายามเข้าครอบครองพื้นที่ที่เป็นแหล่งเสบียงของเขมรแดง แหล่งของอาหารจากต่างชาติจะถูกส่งมาทางกำปงโสม ซึ่งมักจะถูกยึดไปใช้ในกองทหารเวียดนาม และฝ่ายเวียดนามยังใช้อาวุธเคมีที่ผิดกฎหมายอีกด้วย

เขมรแดงได้เรียกร้องให้ชาวกัมพูชารวมตัวกันเป็นเอกภาพ และต่อสู้กับชาวเวียดนามแต่ประสบการณ์ที่เลวร้ายในสมัยกัมพูชาประชาธิปไตยทำให้ชาวกัมพูชาบางส่วนต่อต้านทั้งเวียดนามและเขมรแดง ทำให้มีขบวนการที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์สององค์กรปรากฏขึ้น กลุ่มแรกเป็นฝ่ายขวา นิยมตะวันตกนำโดยซอน ซานเรียกว่าแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติประชาชนเขมร ซึ่งได้ควบคุมค่ายผู้อพยพหลายค่ายตามแนวชายแดนไทย-กัมพูชา คาดว่าแนวร่วมนี้มีทหารราว 12,000 - 15,000 คน แต่ประมาณ 1 ใน 3 สูญเสียไปในการสู้รบกับเวียดนามช่วง พ.ศ. 2527 – 2528

กลุ่มที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์อีกกลุ่มหนึ่งคือฟุนซินเปก องค์กรนี้เกิดขึ้นเมื่อพระนโรดม สีหนุแยกตัวออกจากเขมรแดง โดยพระนโรดม สีหนุเรียกร้องให้สหปรชาชาติถอนการรับรองเขมรแดงเพราะปัญหาอาชญากรรม และไม่ยอมรับตัวแทนของเขมรแดงหรือสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาเป็นตัวแทนกัมพูชาในสหประชาชาติ ในช่วงแรกของการยึดครองเวียดนาม กองกำลังต่อต้านในกัมพูชาแต่ละกลุ่มมีการติดต่อกนอย่างจำกัด เพราะความแตกต่างของแต่ละกลุ่ม แม้ว่าเขมรแดงจะได้รับการยอมรับจากนานาชาติมากกว่า แต่ก็ถูกกดดันในสังคมระดับนานาชาติมากขึ้นใน พ.ศ. 2523 ต่อมาจึงมีแนวคิดในการรวมฝ่ายต่อต้านทั้งหมดเข้าด้วยกันในต้นปี พ.ศ. 2524 พระนโรดม สีหนุและซอน ซานเริ่มพูดคุยกับเขียว สัมพันเพื่อสร้างความร่วมมือ

ในเดือนสิงหาคมพ.ศ. 2524 องค์ฝ่ายต่อต้านทั้งสามได้รวมกันเป็นเอกภาพ แต่ก็ยังมีข้อพิพาทเกี่ยวกับการเป็นองค์กรนำ ในที่สุดได้จัดตั้งเป็นรัฐบาลผสมโดยแต่ละองค์กรมีอำนาจเสมอกัน โดยจัดตั้งแนวร่วมเขมรสามฝ่ายเมื่อ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2525 โดยใน พ.ศ. 2530 กัมพูชาประชาธิปไตยยังคงเป็นสมาชิกสหประชาชาติ