สถาปนาสาธารณรัฐเอะโซะ

หลังปราชัยบนเกาะฮนชู เอะโนะโมะโตะ ทะเกะอะกิหนีไปฮกไกโดพร้อมด้วยกองทัพเรือที่เหลืออยู่และที่ปรึกษาการทหารชาวฝรั่งเศสอีกจำนวนหนึ่ง พวกเขาร่วมกันจัดตั้งรัฐบาลโดยมีวัตถุประสงค์สถาปนารัฐชาติอิสระขึ้นบนเกาะเพื่ออุทิศให้การพัฒนาเกาะฮกไกโด สาธารณรัฐเอะโซะตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 25 ธันวาคมตามแบบจำลองสหรัฐอเมริกา นับเป็นสาธารณรัฐแห่งเดียวของประเทศญี่ปุ่นที่เคยมี และเอะโนะโมะโตะได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีด้วยเสียงข้างมาก สาธารณรัฐพยายามติดต่อกับสถานเอกอัครราชทูตต่างประเทศที่อยู่ในฮาโกดาเตะ เช่น สหรัฐอเมริกา ฝรั่งเศสและรัสเซีย แต่ไม่สามารถได้การรับรองหรือการสนับสนุนระหว่างประเทศ เอะโนะโมะโตะเสนอให้โอนดินแดนให้โชกุนโทกูงาวะภายใต้การปกครองของจักรพรรดิ แต่สภาปกครองจักรวรรดิปฏิเสธข้อเสนอของเขา[23]

ในฤดูหนาว พวกเขาเสริมการป้องกันบริเวณคาบสมุทรทางใต้ของฮาโกดาเตะ โดยมีป้อมโกะเรียวคะคุอยู่ตรงกลาง มีการจัดระเบียบกำลังภายใต้การบัญชาการร่วมของญี่ปุ่น-ฝรั่งเศส โดยมีโอะโตะริ เคซุกะเป็นผู้บัญชาการทหาร และร้อยเอก ฌูลส์ บรูเน ชาวฝรั่งเศส เป็นรองผู้บัญชาการ และแบ่งกำลังออกเป็น 4 กองพลน้อย แต่ละกองพลน้อยมีนายทหารประทวนชาวฝรั่งเศสเป็นผู้บังคับบัญชา (อาเธอร์ ฟอร์ตังต์, ฌอง มาร์แลง, อังเดร กาเซอเนิฟ, ฟรองซัวส์ บูฟฟิเยร์) และแบ่งกำลังย่อยออกเป็น 8 กึ่งกองพลน้อย (half-brigade) ที่อยู่ใต้การบังคับบัญชาของญี่ปุ่น[24]

ความพ่ายแพ้ครั้งสุดท้ายและการยอมจำนน

กองทัพเรือจักรพรรดิถึงท่ามิยะโกะเมื่อวันที่ 20 มีนาคม แต่กบฏเอะโซะคาดหมายการมาของเรือฝ่ายจักรพรรดิและจัดระเบียบแผนบ้าบิ่นในการยึดโคเตะซึ มีการส่งเรือรบสามลำสำหรับโจมตีผิดคาด โดยมีผู้บังคับบัญชาชินเซ็งงุมิ ฮิจิกะตะ โทะชิโซเป็นผู้นำ เรียก ยุทธนาวีที่อ่าวมิยะโกะ ยุทธนาวียุติลงด้วยความล้มเหลวของฝ่ายโทกูงาวะ เนื่องจากสภาพอากาศเลว ปัญหาเครื่องยนต์และการใช้ปืนแกตลิงโดยกำลังฝ่ายจักรพรรดิต่อคณะขึ้นเรือซามูไรอย่างเด็ดขาด

ไม่นาน กำลังฝ่ายจักรพรรดิรวบรวมการควบคุมบนแผ่นดินใหญ่ญี่ปุ่น และในเดือนเมษายน ค.ศ. 1869 ส่งกองเรือและกำลังทหารราบ 7,000 นายไปเอะโซะ เริ่มต้นยุทธการที่ฮาโกดาเตะ กำลังฝ่ายจักรพรรดิคืบหน้าอย่างรวดเร็วและชนะยุทธนาการทางเรือ ณ อ่าวฮาโกดาเตะ เป็นยุทธนาวีทางเรือขนาดใหญ่ครั้งแรกของประทเศญี่ปุ่นระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่ ขณะที่ป้อมโกะเรียวกะกุถูกทหารที่เหลือ 800 นายล้อม เมื่อเห็นสถานการณ์เข้าตาจน ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสหลบหนีไปเรือฝรั่งเศสซึ่งประจำอยู่ในอ่าวฮาโกดาเตะ แคตโลกง (Coëtlogon) ภายใต้การบังคับบัญชาของดูว์เปตี-ตูอาร์ (Dupetit-Thouars) แล้วโดยสารกลับไปโยะโกะฮะมะและฝรั่งเศส ญี่ปุ่นขอให้ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสรับการพิพากษาในประเทศฝรั่งเศส ทว่า เนื่องจากการสนับสนุนของประชาชนในประเทศฝรั่งเศสจากกรรมของพวกเขา อดีตที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสในประเทศญี่ปุ่นจึงไม่ถูกลงโทษ

เอะโนะโมะโตะแน่วแน่ที่จะต่อสู้จนจบ และส่งทรัพย์มีค่าของเขาให้ข้าศึกเพื่อเก็บรักษา ในนั้นมีรหัสกองทัพเรือที่เขานำกลับจากฮอลแลนด์ซึ่งเขามอบให้พลเอกของฝ่ายจักรพรรดิ คุโระดะ คิโยะตะกะ และโอะโตะริเกลี้ยกล่อมให้เขายอมจำนน โดยบอกเขาให้ตัดสินใจใช้ชีวิตผ่านความพ่ายแพ้เป็นวิถีที่หาญกล้าอย่างแท้จริง "หากท่านประสงค์ตาย ท่านสามารถทำได้ทุกเวลา" เอะโนะโมะโตะยอมจำนนเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน ค.ศ. 1869 โดยยอมรับการปกครองของจักรพรรดิเมจิ และสาธารณรัฐเอะโซะก็ไม่มีอีกต่อไป