หลังโยชิโนบุยอมจำนน[21] ประเทศญี่ปุ่นส่วนมากก็ยอมรับการปกครองของจักรพรรดิ แต่แนวร่วมแว่นแคว้นในภาคเหนือซึ่งสนับสนุนแคว้นไอสึยังแข็งข้อต่อไป[22] ในเดือนพฤษภาคม ไดเมียวในภาคเหนือหลายคนตั้งพันธมิตรเพื่อต่อกรกองทัพจักรพรรดิ ส่วนใหญ่ประกอบด้วยกำลังจากแคว้นเซ็นได โยะเนะซะวะ ไอสึ โชนะอิและนะงะโอะกะ มีทั้งสิ้น 50,000 นาย เจ้าฝ่ายจักรพรรดิพระองค์หนึ่ง คิตะชิระกะวะ โยะชิฮิซะ เสด็จหนีขึ้นเหนือพร้อมพลพรรครัฐบาลเอโดะ และได้รับแต่งตั้งเป็นหัวหน้าในนามของแนวร่วมฝ่ายเหนือ โดยเจตนาตั้งพระองค์เป็น "จักรพรรดิโทะบุ"

กองเรือของเอะโนะโมะโตะถึงท่าเซ็นไดในวันที่ 26 สิงหาคม แม้ว่าแนวร่วมฝ่ายเหนือมีทหารมากมาย แต่ติดอาวุธเลวและอาศัยวิธีการต่อสู้แบบเก่า ยุทธภัณฑ์สมัยใหม่ขาดแคลน และมีความพยายามกระชั้นชิดในการสร้างปืนใหญ่ทำด้วยไม้และเสริมความแข็งแรงด้วยการรัดเชือกและยิงกระสุนหิน ปืนใหญ่ดังกล่าวที่ติดตั้งบนสิ่งปลูกสร้างตั้งรับ ยิงกระสุนได้สี่ถึงห้านัดเท่านั้นก่อนระเบิด อีกฝ่ายหนึ่ง ไดเมียวนะงะโอะกะจัดการหาปืนแกตลิงสองจากสามกระบอกในประเทศญี่ปุ่น และปืนเล็กยาวฝรั่งเศสสมัยใหม่ 2,000 กระบอกจากพ่อค้าอาวุธชาวเยอรมัน เฮนรี ชเนลล์ (Henry Schnell)

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 ไดเมียวนะงะโอะกะสร้างความสูญเสียใหญ่หลวงต่อกำลังฝ่ายจักรพรรดิในยุทธการที่โฮะกุเอตสึ (Hokuetsu) แต่สุดท้ายปราสาทของเขาเสียในวันที่ 19 พฤษภาคม ทหารฝ่ายจักรพรรดิยังเคลื่อนขึ้นเหนือ พิชิตชินเซ็งงุมิที่ยุทธการที่ช่องเขาโบะนะริ ซึ่งเปิดทางให้เข้าตีปราสาทไอสึวะกะมัตสึในยุทธการที่ไอสึในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1868 ทำให้ป้องกันที่ตั้งดังกล่าวไม่ได้

แนวร่วมพังทลาย และในวันที่ 12 ตุลาคม กองเรือออกจากเซ็นไดมุ่งหน้าสู่ฮกไกโด หลังได้เรืออีกสองลำ และทหารอีกประมาณ 1,000 นาย กำลังรัฐบาลโชกุนที่เหลือภายใต้โอโตะริ เคสึเกะ กำลังชินเซ็งงุมิภายใต้ฮิจิกะตะ โทะชิโซ เหล่ากองโจร (ยูเงะกิไต) ภายใต้ฮิโตะมิ คัตสึตะโร เช่นเดียวกับที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสอีกหลายคน

วันที่ 26 ตุลาคม เอะโดะถูกเปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียว และสมัยเมจิเริ่มต้นอย่างเป็นทางการ ไอสึถูกล้อมเริ่มตั้งแต่เดือนนั้น นำไปสู่การฆ่าตัวตายหมู่ของนักรบหนุ่มเบียะโกะไต (เหล่าพยัคฆ์ขาว) หลังยุทธการยืดเยื้อหนึ่งเดือน สุดท้ายไอสึยอมจำนนในวันที่ 6 พฤศจิกายน