ตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ด้วยความช่วยเหลือของเลยง โรเช (Léon Roches) เอกอัครราชทูตฝรั่งเศส มีการร่างแผนเพื่อหยุดการรุกของราชสำนักจักรพรรดิที่โอะดะวะระ จุดเข้ายุทธศาสตร์สุดท้ายสู่เอะโดะ แต่โยชิโนบุตัดสินใจค้านแผนนี้ เลยง โรเชประหลาดใจและลาออกจากตำแหน่ง ในต้นเดือนมีนาคม ภายใต้อิทธิพลของรัฐมนตรีบริติช แฮร์รี ปากส์ ต่างชาติลงนามความตกลงความเป็นกลางเข้มงวด ซึ่งตามสนธิสัญญานั้น ต่างชาติไม่สามารถแทรกแซงหรือให้กำลังบำรุงทางทหารแก่ฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งจนความขัดแย้งยุติ

ไซโง ทะกะโมะรินำทัพจักรพรรดิคว้าชัยไปทางเหนือและตะวันออกทั่วประเทศญี่ปุ่น โดยชนะที่ยุทธการที่โคชู-คะสึนุมะ สุดท้ายเขาล้อมเอะโดะในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 นำไปสู่ความปราชัยอย่างไม่มีเงื่อนไขหลังคัตสึ คะอิชู รัฐมนตรีสงครามของโชกุน เจรจาการยอมจำนน บางกลุ่มยังต่อต้านต่อไปหลังการยอมจำนนนี้แต่แพ้ในยุทธการที่อุเอะโนะในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1868

ขณะเดียวกัน ผู้นำกองทัพเรือของโชกุน เอะโนะโมะโตะ ทะเกอะกิ ปฏิเสธยอมจำนนเรือทั้งหมดของเขา เขาส่งเรือให้เพียงสี่ลำ ซึ่งในนั้นมีฟุจิซัง แต่เขาหลบหนีขึ้นเหนือไปพร้อมกับกองทัพเรือโชกุนที่เหลือ (เรือรบไอน้ำแปดลำ) และทหารเรือ 2,000 นาย ด้วยหวังจัดการโจมตีตอบโต้ร่วมกับไดเมียวทางเหนือ เขามีที่ปรึกษาทางทหารชาวฝรั่งเศสจำนวนหนึ่งเข้าด้วย ที่ขึ้นชื่อที่สุดคือ ฌูล บรูเน (Jules Brunet) ซึ่งลาออกจากกองทัพบกฝรั่งเศสอย่างเป็นทางการเพื่อเข้ากับกบฏ