ให้หลังชนะ รัฐบาลใหม่ดำเนินรวมประเทศภายใต้การปกครองทรงอำนาจโดยชอบเดียวโดยราชสำนักจักรพรรดิ ที่พำนักของจักรพรรดิย้ายจากเกียวโตไปโตเกียวในปลาย ค.ศ. 1868 อำนาจทางทหารและการเมืองของแว่นแคว้นต่าง ๆ ทยอยถูกริดรอนไป และไม่ช้าแคว้นต่าง ๆ ก็กลายสภาพเป็นจังหวัด ซึ่งจักรพรรดิทรงตั้งผู้ว่าราชการ การปฏิรูปสำคัญ คือ การเวนคืนและเลิกชนชั้นซามูไร ทำให้ซามูไรจำนวนมากเปลี่ยนเข้าตำแหน่งบริหารราชการแผ่นดินหรือผู้ประกอบการ แต่บีบให้อีกจำนวนมากยากจน แคว้นทางใต้ซัตสึมะ โชชูและโทะซะซึ่งมีบทบาทชี้ขาดในชัย ยึดตำแหน่งสำคัญในรัฐบาลอีกหลายทศวรรษให้หลังความขัดแย้งนี้ บ้างเรียกสถานการณ์นี้ว่า "คณาธิปไตยเมจิ" และกลายเป็นทางการด้วยสถาบันเก็นโร ใน ค.ศ. 1869 มีการสร้างศาลเจ้ายะซุกุนิในกรุงโตเกียวเพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้เสียชีวิตในสงครามโบชิน

พลพรรคผู้นำบางส่วนของอดีตโชกุนถูกจำคุก แต่รอดการประหารชีวิตอย่างหวุดหวิด มาจากการยืนยันของไซโง ทะกะโมะริและอิวะกุระ โทะโมะมิ แม้อาศัยคำแนะนำจากพากส์ ผู้แทนทางทูตบริติชมากก็ตาม เขากระตุ้นไซโง ตามคำของเออร์เนส ซาโท (Ernest Satow) ว่า "ความรุนแรงต่อเคคิ [โยชิโนบุ] หรือผู้สนับสนุนเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในวิถีการลงโทษบุคคล จะทำร้ายชื่อเสียงของรัฐบาลใหม่ในสายตาชาติยุโรป" หลังจำคุกสองหรือสามปี พวกเขาส่วนมากก็ถูกเรียกตัวมารับราชการรัฐบาลใหม่ และหลายคนมีอาชีพรุ่งเรือง ตัวอย่างเช่น เอะโนะโมะโตะ ทะเกะอะกิต่อมาจะรับราชการเป็นผู้แทนทางทูตประจำประเทศรัสเซียและจีนและเป็นรัฐมนตรีศึกษาธิการ

ฝ่ายจักรพรรดิมิได้แสวงความมุ่งหมายขับผลประโยชน์ต่างชาติจากประเทศญี่ปุ่นอีก แต่หันไปรับนโยบายก้าวหน้ามากขึ้นโดยมุ่งปรับประเทศให้ทันสมัยต่อและการเจรจาสนธิสัญญาไม่เท่าเทียมใหม่กับต่างชาติ และต่อมาภายใต้คำขวัญ "ประเทศร่ำรวย กองทัพเข้มแข็ง" (ญี่ปุ่น: 富国強兵 โรมาจิ: fukoku kyōhei) การเปลี่ยนท่าทีต่อต่างชาตินี้มาจากวันแรก ๆ ของสงครามกลางเมือง วันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 1868 มีการตั้งป้ายในกรุงเกียวโต (และต่อมาทั่วประเทศ) ซึ่งเจาะจงบอกเลิกความรุนแรงต่อคนต่างด้าว ระหว่างห้วงความขัดแย้ง จักรพรรดิเมจิทรงต้อนรับผู้แทนทางทูตยุโรปเป็นการส่วนพระองค์ ครั้งแรกในกรุงเกียวโต และต่อมาในโอซากะและโตเกียว และที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน คือ การต้อนรับอัลเฟรด ดุ๊กเอดินบะระของจักรพรรดิเมจิในกรุงโตเกียวว่า "เป็นผู้มีโลหิตทัดเทียมพระองค์" (as his equal in point of blood)

แม้สมัยเมจิตอนต้น ความสัมพันธ์ระหว่างราชสำนักจักรพรรดิและต่างประเทศดีขึ้น แต่ความสัมพันธ์กับประเทศฝรั่งเศสเสื่อมชั่วคราวเนื่องจากฝรั่งเศสสนับสนุนโชกุนในทีแรก ทว่าในไม่ช้า มีการเชิญคณะทูตทหารคณะที่สองมาประเทศญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1874 และคณะที่สามใน ค.ศ. 1884 อันตรกิริยาระดับสูงกลับคืนประมาณ ค.ศ. 1886 เมื่อประเทศฝรั่งเศสช่วยสร้างกองเรือสมัยใหม่ขนาดใหญ่ของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่น ภายใต้การชี้นำของวิศวกรนาวี หลุยส์-เอมิล แบร์แต็ง (Louis-Émile Bertin) การปรับประเทศให้ทันสมัยเริ่มระหว่างปลายรัฐบาลโชกุนแล้ว และรัฐบาลเมจิสุดท้ายก็รับนโยบายเดียวกัน

ครั้นราชาภิเษก จักรพรรดิเมจิทรงออกกฎบัตรคำปฏิญาณ (Charter Oath) โดยเรียกร้องให้มีการประชุมอภิปราย สัญญาเพิ่มโอกาสแก่สามัญชน เลิก "ขนบธรรมเนียมชั่วจากอดีต" และแสวงความรู้ทั่วโลก "เพื่อเสริมสร้างรากฐานของการปกครองจักรพรรดิ" การปฏิรูปสำคัญของรัฐบาลเมจิมีการเลิกระบบแคว้นใน ค.ศ. 1871 ซึ่งแคว้นแบบฟิวดัลและผู้ปกครองที่สืบสายโลหิตถูกเปลี่ยนเป็นจังหวัดโดยมีผู้ว่าราชการจากการแต่งตั้งของจักรพรรดิ อื่น ๆ มีการศึกษาภาคบังคับและการเลิกสถานภาพชนชั้นขงจื๊อ การปฏิรูปต่าง ๆ ลงเอยด้วยการออกรัฐธรรมนูญเมจิ ค.ศ. 1889 ทว่า แม้ซามูไรสนับสนุนราชสำนักจักรพรรดิ แต่การปฏิรูปสมัยเมจิช่วงต้นหลายอย่างถูกมองว่าเป็นโทษต่อประโยชน์ของพวกเขา คือ การสร้างกองทัพทหารเกณฑ์จากสามัญชน ตลอดจนการเสียเกียรติภูมิสืบเชื้อสายและเงินเดือนที่ทำให้อดีตซามูไรจำนวนมากเป็นปรปักษ์ ความตึงเครียดสูงเป็นพิเศษในภาคใต้ นำสู่กบฏซะกะ ค.ศ. 1874 และกบฏในโชชูใน ค.ศ. 1876 อดีตซามูไรในซัตสึมะ โดยมีไซโง ทะกะโมะริเป็นผู้นำ ซึ่งออกจากรัฐบาลเนื่องจากขัดแย้งเรื่องนโยบายต่างประเทศ เริ่มกบฏซัตสึมะใน ค.ศ. 1877 การต่อสู้เพื่อธำรงชนชั้นซามูไรและรัฐบาลที่มีคุณธรรมมากขึ้น มีคำวัญว่า "รัฐบาลใหม่ ศีลธรรมสูง" (ญี่ปุ่น: 新政厚徳 โรมาจิ: shinsei kōtoku) กบฏยุติด้วยความปราชัยเยี่ยงวีรบุรุษแต่ย่อยยับ ณ ยุทธการที่ชิโระยะมะ