ผู้ป่วยเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียที่ไม่ได้รับการรักษานั้นแทบจะไม่มีโอกาสรอดชีวิต ในทางกลับกันเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อไวรัสนั้นส่วนใหญ่หายได้เองและแทบไม่มีอันตรายต่อชีวิต อัตราตายของผู้ป่วยเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียที่ได้รับการรักษานั้นแตกต่างกันไปขึ้นกับอายุและโรคประจำตัว ในผู้ป่วยทารกแรกเกิดนั้นการป่วยด้วยเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากแบคทีเรียอาจทำให้เสียชีวิตได้ถึง 20-30% ความเสี่ยงนี้ลดลงมากในเด็กโตซึ่งมีอัตราตายประมาณ 2% แต่เพิ่มสูงอีกในผู้ป่วยผู้ใหญ่ที่ 19-37%[2][3] ยังมีปัจจัยอื่นที่ส่งผลต่อโอกาสเสียชีวิตได้แก่เชื้อที่ทำให้เกิดโรค ระยะเวลาตั้งแต่เริ่มรักษาจนกระทั่งตรวจไม่พบเชื้อจากน้ำหล่อสมองไขสันหลัง[2] ความรุนแรงของอาการป่วยโดยทั่วไป การลดลงของระดับความรู้สึกตัว หรือการมีจำนวนเม็ดเลือดขาวในน้ำหล่อสมองไขสันหลังต่ำผิดปกติ[2] นอกจากนี้เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อเมนิงโกคอคคัสในผู้ใหญ่ก็มีอัตราตายน้อยกว่าชนิดที่เกิดจากเชื้อนิวโมคอคคัสถึง 3-7%[3]

ผู้ป่วยที่เป็นเด็กมีความเสี่ยงที่จะเกิดความพิการจากอันตรายที่มีต่อระบบประสาทได้ มีการพบว่าผู้รอดชีวิต 15% เกิดการสูญเสียการได้ยินจากประสาทหูเสื่อม โรคลมชัก ความผิดปกติทางการเรียนรู้และพฤติกรรม และการมีระดับสติปัญญาลดลง[2] ผู้ป่วยบางรายที่สูญเสียการได้ยินอาจหายเป็นปกติได้[56] ส่วนในผู้ใหญ่นั้น 66% ไม่เกิดความพิการ ปัญหาส่วนใหญ่ที่เกิดคือภาวะหูตึง (14%) และความบกพร่องทางสติปัญญา (10%)[3]