ถึงแม้หลายประเทศจะกำหนดให้เยื่อหุ้มสมองอักเสบเป็นโรคที่ต้องรายงานแต่อัตราอุบัติการณ์ที่แท้จริงก็ยังไม่เป็นที่ทราบ[19] ในประเทศตะวันตกนั้นมีผู้ป่วยเยื่อหุ้มสมองอักเสบ 3 รายต่อ 100,000 ประชากรในหนึ่งปี งานวิจัยที่ทำกับประชากรทั้งหมดแสดงให้เห็นว่าเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากไวรัสนั้นพบบ่อยกว่าอยู่ที่ 45.8 ต่อ 100,000 ประชากรในหนึ่งปี[13] ประเทศในแอฟริกาทางตอนใต้ของทะเลทรายซาฮารานั้นมีการระบาดของเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อเมนิงโกคอคคัสมากว่าร้อยปีแล้ว[58]จนมีการตั้งชื่อเรียกประเทศในบริเวณนี้ว่าแนวเข็มขัดเยื่อหุ้มสมองอักเสบ (meningitis belt) ส่วนใหญ๋การระบาดจะเกิดขึ้นในหน้าแล้ง (ธันวาคมถึงมิถุนายน) และช่วงการระบาดอาจคงอยู่ได้นานสองถึงสามปี โดยจะหมดไปในช่วงหน้าฝนที่มีการใช้มาตรการเข้าดูแล[59] ซึ่งในพื้นที่นี้พบว่ามีอัตราการเกิดโรคถึง 100-800 รายต่อ 100,000 ประชากร[60]ซึ่งยังไม่ได้รับการดูแลที่ดีจากสาธารณสุข และส่วนใหญ่ยังเป็นจากเชื้อเมนิงโกคอคคัส[13] การระบาดทั่วครั้งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์คือการระบาดทั่วภูมิภาคนี้ในช่วง พ.ศ. 2539-2540 มีผู้ป่วยถึงกว่า 250,000 ราย เสียชีวิต 25,000 ราย[61]

โรคติดเชื้อเมนิงโกคอคคัสหรือไข้กาฬหลังแอ่นจะระบาดในพื้นที่ที่มีคนจำนวนมากมาอยู่รวมกันเป็นครั้งแรก เช่น ค่ายทหาร หอพักมหาวิทยาลัย[2] และพิธีฮัจจ์[43] แม้แบบแผนการระบาดในแอฟริกาจะยังไม่ชัดเจนแต่ก็พบว่ามีหลายปัจจัยที่มีความสัมพันธ์กับการเกิดการระบาดในแนวเข็มขัดเยื่อหุ้มสมองอักเสบ ได้แก่ ภาวะทางการแพทย์ของประชากร (เช่นภูมิคุ้มกัน) ลักษณะทางประชากรศาสตร์ (การเดินทางและการโยกย้ายถิ่นฐาน) สถานะทางเศรษฐกิจสังคม (อาศัยในพื้นที่แออัดและยากจน) ภูมิอากาศ (ความแห้งแล้งและฝุ่น) และการติดโรคอื่นร่วม (การติดเชื้อทางเดินหายใจเฉียบพลัน)[60]

สาเหตุของเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากแบคทีเรียในแต่ละท้องที่มีความแตกต่างกันอย่างชัดเจน เช่น ในยุโรปเชื้อที่พบบ่อยที่สุดเป็น N. meningitides กลุ่ม B และ C แต่ในเอเชียมักพบเป็นกลุ่ม A รวมถึงการระบาดในแนวเข็มขัดเยื่อหุ้มสมองอักเสบของแอฟริกาด้วยเช่นเดียวกัน คิดเป็น 80-85% ของการเกิดเยื่อหุ้มสมองอักเสบทั้งหมดในพื้นที่[60]