เยื่อหุ้มสมองอักเสบบางชนิดสามารถป้องกันได้ด้วยวัคซีน หรือในบางกรณีอาจมีการให้ยาปฏิชีวนะเพื่อการป้องกันก็ได้

ในช่วงหลังคริสต์ทศวรรษ 1980 เป็นต้นมา หลายประเทศได้นำเอาวัคซีน Haemophilus influenzae ชนิด B เข้าเป็นส่วนหนึ่งของโครงการให้วัคซีนประจำที่แก่เด็กที่อายุถึงเกณฑ์ ทำให้เป็นการกำจัดสาเหตุของเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อนี้ออกไปได้ อย่างไรก็ดีในบางประเทศที่ยังพบโรคนี้มากนั้น วัคซีนยังคงมีราคาแพง[39][40] โดยในประเทศไทยนั้นวัคซีนนี้ยังไม่ได้รับการบรรจุในโครงการให้วัคซีนฟรีของกระทรวงสาธารณสุข แต่สามารถเข้าถึงได้ทั่วไปโดยเสียค่าใช้จ่าย[41] เช่นเดียวกันวัคซีนคางทูมซึ่งทำให้มีการลดจำนวนผู้ป่วยเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากไวรัสคางทูมอย่างมากรวมทั้งในประเทศไทยที่มีการบรรจุวัคซีนคางทูมเป็นส่วนหนึ่งของวัคซีนฟรีของกระทรวงสาธารณสุข[41] โดยก่อนที่จะมีการนำวัคซีนมาใช้ ผู้ป่วยคางทูมถึง 15% จะมีเยื่อหุ้มสมองอักเสบ[19]

วัคซีนเมนิงโกคอคคัสที่มีอยู่นั้นเป็นวัคซีนต่อเชื้อกลุ่ม A, C, W135 และ Y[42] ในประเทศที่มีการนำวัคซีนต่อเชื้อเมนิงโกคอคคัสกลุ่ม C เข้ามาใช้นั้นพบว่ามีการลดลงของจำนวนผู้ป่วยที่ติดเชื้อนี้อย่างมาก[39] ปัจจุบันมีวัคซีนที่จำเพาะกับเชื้อพร้อมกันทั้ง 4 ชนิดออกมาแล้ว ปัจจุบันการได้รับวัคซีน ACW135Y ถูกบรรจุเป็นข้อกำหนดเบื้องต้นในการขอวีซ่าเข้าพิธีฮัจจ์แล้ว[43] ส่วนการผลิตวัคซีนที่จำเพาะกับเชื้อเมนิงโกคอคคัสกลุ่ม B นั้นยากกว่ามาก เนื่องจากโปรตีนผิวหน้าของไวรัสนี้ทำให้เกิดปฏิกิริยาตอบสนองทางภูมิคุ้มกันเพียงเล็กน้อยเท่านั้น และยังมีการทำปฏิกิริยาข้ามกับโปรตีนที่มนุษย์มีอยู่เป็นปกติอีกด้วย[39][42] อย่างไรก็ดีมีบางประเทศเช่นนิวซีแลนด์ คิวบา นอร์เวย์ และชิลี ได้ประดิษฐ์วัคซีนสำหรับเชื้อเมนิงโกคอคคัสกลุ่ม B สายพันธุ์ท้องถิ่นขึ้นมาใช้ได้ บางที่มีผลลัพธ์ออกมาดีและได้รับการบรรจุเข้าตารางวัคซีนมาตรฐานของพื้นที่ด้วย[42] ในแอฟริกานั้นวิธีการป้องกันและควบคุมการระบาดของเมนิงโกคอคคัสนั้นยังอาศัยการตรวจพบโรคให้เร็วและให้วัคซีนแก่ประชากรเสี่ยงอย่างฉุกเฉินเป็นครั้งๆ ไปด้วยวัคซีนชนิดรวม 2 เชื้อ A/C หรือรวมสามเชื้อ A/C/W135[44]

การให้วัคซีนสำหรับเชื้อ Streptococcus pneumoniae ด้วยวัคซีนนิวโมคอคคัสแบบคอนจูเกต (PCV) ซึ่งมีผลป้องกันเชื้อนิวโมคอคคัส 7 ซีโรทัยป์ที่พบบ่อยสามารถลดอุบัติการณ์ของเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อนิวโมคอคคัสได้อย่างมีนัยสำคัญ[39][45] วัคซีนนิวโมคอคคัสแบบพอลีแซคคาไรด์ครอบคลุมเชื้อ 23 สายพันธุ์ ให้สำหรับคนบางกลุ่มเท่านั้น เช่น ผู้ป่วยที่ตัดม้ามออก วัคซีนนี้ไม่ได้ทำให้เกิดการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันอย่างมีนัยสำคัญในผู้ที่ได้รับวัคซีนทุกคน เช่น กลุ่มเด็กเล็ก[45]

มีรายงานว่าการได้รับวัคซีนบีซีจีในวัยเด็ก (ซึ่งในไทยมีการฉีดให้กับเด็กทุกคนที่เกิดในโรงพยาบาล[41]) สามารถลดการเกิดเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากวัณโรคได้อย่างมีนัยสำคัญ แต่ผลป้องกันนี้ค่อยๆ ลดลงเมื่อเข้าวัยผู้ใหญ่ ทำให้มีความพยายามในการหาวัคซีนที่ดีกว่านี้[39]

วิธีการป้องกันอีกวิธีหนึ่งคือการให้ยาปฏิชีวนะในระยะเวลาสั้นๆ เพื่อการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการป้องกันเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อเมนิงโกคอคคัส ซึ่งนอกจากนี้ยังมีให้การป้องกันแก่ผู้สัมผัสเชื้อเมนิงโกคอคคัสด้วยยาปฏิชีวนะเช่นไรแฟมพิซิน, ซิโปรฟลอกซาซินและเซฟไทรแอกโซน พบว่าสามารถลดการติดเชื้อได้ แต่ไม่มีผลป้องกันในระยะยาว[31][46]