สงครามกลางเมืองอังกฤษก็เช่นเดียวกันกับสงครามอื่นๆ ในสมัยนั้นที่สิ่งที่คร่าชีวิตมากกว่าการเสียชีวิตในการรบคือ เชื้อโรค จำนวนผู้เสียชีวิตที่แน่นอนทั้งหมดไม่เป็นที่ทราบและการประมาณจำนวนผู้เสียชีวิตในการรบจากผู้ที่เสียชีวิตจากเชื้อโรคหรือจากการยุบตัวลงของประชากรเป็นสิ่งที่เป็นไปไม่ได้

ตัวเลขผู้เสียชีวิตระหว่างช่วงนี้เป็นตัวเลขที่ไม่น่าเชื่อถือแต่ก็มีการพยายามที่ประเมินกันอย่างคร่าวๆ[15][16] ประมาณกันว่าในอังกฤษมีจำนวนผู้เสียชีวิตไปอย่างต่ำที่สุด 100,000 คนจากโรคภัยที่เกี่ยวกับสงครามกลางเมืองทั้งสามสงคราม บันทึกทางประวัติศาสตร์กล่าวว่า 84,830 คนเสียชีวิตในสงครามเอง เมื่อนับรวมกับสงครามบาทหลวงอีกสองครั้งก็เป็นประมาณ 190,000 คน[17]

หลังจากการพ่ายแพ้ที่วูสเตอร์แล้วพระเจ้าชาลส์ที่ 2 ก็ต้องพยายามเสด็จหนี ในระหว่างทางพระองค์ก็ทรงต้องทรงเผชิญภัยหลายอย่างรวมทั้งการซ่อนพระองค์ในโพรงต้นโอ้คที่เป็นเรื่องราวที่เป็นที่รู้จักกันดี เจมส์ แสตนลีย์ เอิร์ลแห่งดาร์บีย์ที่ 7 ถูกประหารชีวิต ทหารในกองทัพของพระองค์สังหารไป 3,000 ระหว่างยุทธการและอีก 10,000 ถูกจับที่วูสเตอร์หรือหลังจากนั้น ทหารอังกฤษที่ถูกจับถูกเกณฑ์ให้เป็นทหารในกองทัพตัวแบบใหม่และถูกส่งไปประจำการในไอร์แลนด์ ส่วนทหารสกอตแลนด์อีก 8,000 คนที่ถูกจับถูกเนรเทศไปนิวอิงแลนด์, เบอร์มิวดา และเวสต์อินดีส ไปทำงานให้กับเจ้าของที่ดินที่นั่นในฐานะกรรมกรหนี้ (Indentured labour) การสูญเสียของฝ่ายรัฐสภาเป็นจำนวนน้อยเมื่อเทียบกับฝ่ายกษัตริย์[18]

จำนวนผู้เสียชีวิตในสกอตแลนด์เป็นที่ไม่น่าเชื่อถือยิ่งกว่าของอังกฤษ การเสียชีวิตรวมทั้งการเสียชีวิตของเชลยในสงครามที่ถูกดูแลในสภาพที่ช่วยให้เสียชีวิตเร็วขึ้น โดยประมาณกล่าวกันว่าเชลยสงคราม 10,000 ที่ถูกจับไม่รอดหรือไม่มีโอกาสกลับสกอตแลนด์ (8,000 คนถูกจับทันทีหลังจากยุทธการวูสเตอร์และถูกเนรเทศ[19]) ส่วนการเสียชีวิตจากเชื้อโรคที่เกี่ยวกับสงครามไม่มีสถิติ แต่ถ้าเปรียบเทียบกับสถิติการเสียชีวิตของอังกฤษแล้วสกอตแลนด์ก็คงเสียผู้คนไปราว 60,000 คน[20]

ตัวเลขในไอร์แลนด์กล่าวกันว่าเป็นตัวเลขของ “ปาฏิหาริย์ของความคิดเห็นสอดแทรก” แต่ที่ทราบแน่นอนคือความเสียหายในไอร์แลนด์เป็นความเสียหายอันใหญ่หลวง จากการประมาณตัวเลขโดยเซอร์วิลเลียม เพ็ตติผู้เป็นบิดาแห่งการศึกษาเรื่องประชากร แม้ว่าจะเป็นตัวเลขที่บันทึกไว้แต่ก็เป็นแต่เพียงการสันนิษฐาน และไม่รวมจำนวนประมาณ 40,000 คนที่จำต้องหนี ในจำนวนนี้บางคนก็ไปเป็นทหารในกองทัพต่างๆ บนแผ่นดินใหญ่ยุโรป ขณะที่กลุ่มอื่นถูกขายไปเป็นกรรมกรหนี้ในนิวอิงแลนด์ และเวสต์อินดีส ไปทำงานให้กับเจ้าของที่ดินที่นั่น ผู้ที่ถูกขายให้ไปทำงานในนิวอิงแลนด์บางคนก็ไปประสบความสำเร็จมีฐานะดีขึ้น แต่ผู้ที่ไปเวสต์อินดีสก็ไปทำงานจนตายคาที่ดิน เพ็ตติประมาณว่าฝ่ายโปรเตสแตนต์ 112,000 คนเสียชีวิตเพราะโรคระบาด, สงคราม, และความอดอยาก และโรมันคาทอลิกอีก 504,000 ถูกสังหาร[21]

ตัวเลขนี้เท่ากับว่าอังกฤษสูญเสียประชากรประมาณ 3.7% สกอตแลนด์ 6% และไอร์แลนด์ 41% เมื่อนำตัวเลขมาพิจารณาเปรียบเทียบกับเหตุการณ์ร้ายอื่นๆ แล้วก็ทำให้ทราบว่าเป็นความเสียหายอันใหญ่หลวง โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับไอร์แลนด์ เมื่อเทียบกับเหตุการณ์การสูญเสียอื่นๆ เช่น ความอดอยากครั้งใหญ่ในไอร์แลนด์ (Great Hunger) ระหว่างปี ค.ศ. 1845 ถึงปี ค.ศ. 1852 ที่ทำให้ไอร์แลนด์สูญเสียประชากรไปเป็นจำนวนประมาณ 16% และจากสงครามโลกครั้งที่สองเมื่อโซเวียตสูญเสียประชากรไปเป็นจำนวนประมาณ 16%.[22]