ในระหว่างสงครามฝ่ายรัฐสภาก่อตั้งคณะกรรมาธิการต่างๆ ผู้มีอำนาจในการบริหารการรณรงค์ คณะกรรมาธิการชุดแรกคือคณะกรรมาธิการเพื่อความปลอดภัยอังกฤษ (English Committee of Safety) ที่ก่อตั้งเมื่อเดือนกรกฎาคมในปี ค.ศ. 1642 ที่มีสมาชิกด้วยกัน 15 จากสมาชิกรัฐสภา

หลังจากนั้นก็เป็นคณะกรรมาธิการพันธมิตรระหว่างอังกฤษกับสกอตแลนด์เพื่อต่อต้านฝ่ายกษัตริย์นิยมที่เรียกว่าคณะกรรมาธิการสองอาณาจักร (Committee of Both Kingdoms) ที่มาแทนคณะกรรมาธิการแรกระหว่าง ค.ศ. 1644 ถึง ค.ศ. 1648 รัฐสภายุบคณะกรรมาธิการสองอาณาจักรเมื่อความเป็นพันธมิตรสิ้นสุดลงแต่ฝ่ายอังกฤษยังคงพบปะกันต่อไปและกลายมาเป็นคณะกรรมาธิการดาร์บีย์เฮาส์ (Derby House Committee) ต่อมาคณะกรรมาธิการเพื่อความปลอดภัยอังกฤษที่สองก็มาแทนคณะกรรมาธิการหลังนี้