ชื่อ "สงครามดอกกุหลาบ" เชื่อกันว่ามิได้เป็นชื่อที่ใช้กันในระหว่างสงครามแต่ที่มาของชื่อมาจากตราประจำพระราชวงศ์ทั้งสอง กุหลาบแดงแห่งแลงแคสเตอร์ และ กุหลาบขาวแห่งยอร์ค สงครามดอกกุหลาบเป็นชื่อที่มานิยมเรียกกันในคริสต์ศตวรรษที่ 19 หลังจากการพิมพ์หนังสือชื่อ "แอนน์แห่งไกเออร์สไตน์" (Anne of Geierstein) โดยเซอร์วอลเตอร์ สกอตต์ สกอตต์ใช้ชื่อที่มาจากบทละครเรื่อง "พระเจ้าเฮนรีที่ 6 ตอนที่ 1" โดยวิลเลียม เชกสเปียร์ซึ่งสองฝ่ายที่เป็นปฏิปักษ์ต่อกันเลือกดอกกุหลาบสีต่างกันที่วัดเทมเพิล

แม้ว่าดอกกุหลาบจะใช้บ้างบางครั้งระหว่างสงคราม แต่ผู้เข้าร่วมสงครามส่วนใหญ่แล้วจะติดตราของเจ้าของที่ดินผู้ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งเป็นระบบที่ไม่เป็นทางการที่เจ้าของที่ดินสัญญาว่าจะปกป้องคุ้มครองผู้ที่ทำมาหากินในที่ดินโดยการให้ใช้ตราและสัญลักษณ์ การขยายตัวของระบบนึ้ทำให้อำนาจของพระมหากษัตริย์เสื่อมลงและเป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้เกิดสงครามขึ้น ตัวอย่างของการใช้สัญลักษณ์ก็ได้แก่กองกำลังของพระเจ้าเฮนรีที่ 7 ที่บอสเวิร์ธที่ใช้ธงมังกรแดง และกองกำลังยอร์คที่ใช้สัญลักษณ์หมีขาว ความสำคัญของดอกกุหลาบมาเกิดขึ้นเมื่อพระเจ้าเฮนรีที่ 7 หลังจากยุติสงครามแล้วทรงรวมดอกกุหลาบแดงและขาวเป็นดอกกุหลาบแดงขาวดอกเดียวที่เรียกว่า “กุหลาบทิวดอร์”

นอกจากนั้นแล้วชื่อของทั้งสองราชวงศ์ก็ไม่มีความเกี่ยวข้องแต่อย่างใดกับเมืองยอร์กและเมืองแลงแคสเตอร์ หรือเทศมณฑลยอร์กเชอร์และแลงคาเชอร์แม้ว่าการแข่งขันคริกเกตหรือรักบีระหว่างสองเทศมณฑลนี้จะใช้คำว่า "สงครามดอกกุหลาบ" ก็ตาม อันที่จริงแล้วอาณาบริเวณที่เกี่ยวข้องกับดัชชีแลงแคสเตอร์ส่วนใหญ่อยู่ในกลอสเตอร์เชอร์ นอร์ธเวลส์ และเชสเชอร์ ขณะที่อสังหาริมทรัพย์และปราสาทของดัชชียอร์กตั้งอยู่ทั่วไปในอังกฤษแม้ว่ส่วนใหญ่จะอยู่ในภูมิภาคชายแดนเวลส์ระหว่างเวลส์และอังกฤษ